La Commission peut accepter tous les amendements adoptés par le Parlement européen en deuxième lecture. Le dossier a fait l'objet de négociations interinstitutionnelles qui vont permettre de le conclure en deuxième lecture. Les amendements adoptés par le Parlement européen concernent des précisions techniques ainsi que certains aspects un plus substantiels :
- les possibilités de sous contractualisation sont encadrées et limitées afin d'assurer qu'en tout état de cause le titulaire du contrat assure une majeure partie des services de transport ;
- le niveau des seuils d'attribution directe des contrats de transport aux petites et moyennes entreprises est légèrement augmenté et passe d'une valeur annuelle de 1.7 à 2 million d'euros ;
- des mécanismes assurant la possibilité de recours juridictionnels sont introduits ;
- enfin, les amendements conduisent également à une diminution des périodes d'entrée en vigueur et de transition du règlement qui passent respectivement de 36 à 24 mois et de 12 à 10 ans.