La position commune du Conseil adoptée à l’unanimité reprend, en totalité ou en partie, 14 amendements proposés par le Parlement européen en 1ère lecture. Les autres amendements du Parlement européen (14 au total) ont été rejetés par le Conseil.
La principale question soulevée lors des discussions au Conseil est la forme de l'acte législatif proposé par la Commission. Dans son accord politique, le Conseil a décidé de scinder le texte en deux instruments distincts, une directive et un règlement.
En ce qui concerne la directive, le Conseil est parvenu à s'entendre sur la quasi totalité des éléments essentiels de la proposition de la Commission concernant les relations des États membres avec les organismes habilités à procéder à l'inspection, à la visite et à la certification des navires. Les dispositions y relatives ne comportent que peu de changements par rapport aux dispositions correspondantes de la directive 94/57/CE actuellement en vigueur.
Les modifications apportées au texte par le Conseil ont été dictées par des raisons d'ordre rédactionnel ou terminologique ou portent sur les questions suivantes:
- tout d'abord, conformément au régime communautaire en vigueur, en vertu duquel les États membres peuvent déléguer les prérogatives en matière d'inspection de navires et de délivrance de certificats dont ils sont les titulaires conformément aux conventions internationales applicables, le Conseil estime que, si un État membre ne souhaite plus habiliter un organisme agréé à agir en son nom, c'est à l'État membre concerné qu'il appartient de procéder à la suspension ou au retrait de l'habilitation. Le texte de la position commune ne prévoit aucune procédure à cet effet, si ce n'est l'obligation d'informer sans délai la Commission et les autres États membres de la suspension ou du retrait et de motiver une telle décision ;
- en second lieu, conformément à la décision « comitologie » dans sa version révisée, le Conseil introduit dans sa position commune une référence à la procédure de réglementation avec contrôle en vue de l'adaptation de la directive aux modifications des conventions, protocoles, codes et résolutions internationaux ;
- enfin, la position commune précise le délai dans lequel la Commission rend compte de l'état de la mise en oeuvre de la directive par les États membres et dispose qu'elle y procède tous les deux ans.