La Commission accepte la division de la proposition en un projet de directive et un projet de règlement dans la mesure où a) elle demeure une opération formelle pleinement respectueuse de la substance de sa proposition; et b) elle peut contribuer à une plus grande sécurité juridique dans le chef des organismes concernés.
S’agissant de la directive, la Commission peut soutenir la modification apportée par le Conseil qui vise à la suppression de la clause de sauvegarde de l'article 8.1, laquelle ne porte pas atteinte à son droit d'initiative. La Commission a également rappelé sa position concernant l'établissement par les États membres de tableaux de concordance entre les mesures de transposition prises par les États membres et les dispositions de la directive, dans l'intérêt des citoyens, de « mieux légiférer » et de la transparence. Malgré la suppression de cette obligation à l'article 14, la Commission n'a pas fait obstacle à l'accord du Conseil. Elle s'attend toutefois à ce que cette question à caractère horizontal soit examinée conjointement par les institutions.
La Commission et le Conseil partagent l'avis selon lequel le système que la Communauté est en train de développer pourrait utilement servir de modèle à échelle internationale, ce qui rejoint la préoccupation exprimée par le Parlement européen quant à la nécessité de bien articuler les systèmes international et communautaire. La Commission et les États membres sont prêts à inciter l'Organisation maritime internationale (OMI) à travailler sur l'élaboration d'un code assurant un niveau de qualité élevé, au niveau mondial, dans le travail des sociétés de classification. Le Conseil et la Commission ont par conséquent souscrit une déclaration conjointe en ce sens.
En conclusion, la Commission estime que la position commune du Conseil répond pleinement aux préoccupations qui l’ont amené à soumettre sa proposition de refonte de la Directive 94/57/CE, et retient l'essentiel des mesures qu'elle a préconisées lesquelles, suite à la division de l'acte en un projet de directive et un projet de règlement, sont principalement reprises dans celui-ci. En outre, la position commune reprend la quasi totalité des amendements du Parlement européen que la Commission a été en mesure d'accepter en tout ou en partie. La Commission accepte par conséquent la position commune qui constitue une bonne base d'entente avec le Parlement européen en 2ème lecture.