La Commission accepte la division de la proposition en un projet de directive et un projet de règlement dans la mesure où a) elle demeure une opération formelle pleinement respectueuse de la substance de sa proposition; et b) elle peut contribuer à une plus grande sécurité juridique dans le chef des organismes concernés.
S’agissant du règlement, la Commission souscrit d’une manière générale aux modifications apportées par le Conseil qui visent à : expliciter que l'agrément ne peut être octroyé qu'aux organismes qui remplissent les critères d'agrément ; flexibiliser la possibilité de limiter l'agrément ; introduire des échéances dans l'injonction d'action correctrice ; introduire une procédure de comité consultatif lorsqu'il s'agit pour la Commission d'infliger des sanctions à un organisme agréé défaillant ; calculer le montant maximal des amendes imposables sur la moyenne du chiffre d'affaires de l'organisme concerné lors des trois exercices précédents ; ajouter un 5ème cas de figure en matière retrait de l'agrément, de façon à éviter la subvention publique ou privée des sanctions imposées à un organisme agréé ; introduire des améliorations en matière de reconnaissance mutuelle des certificats de classification ; porter de 3 à 5 ans la période prévue pour que la Commission soumette un rapport sur la mise en oeuvre de la reconnaissance mutuelle ; obliger les organismes agrées à mettre en place un système commun et indépendant de certification de leurs systèmes de gestion de la qualité ; introduire la possibilité pour la Commission d'adopter des modalités d'interprétation et application des critères de l'annexe.
La Commission et le Conseil partagent l'avis selon lequel le système que la Communauté est en train de développer pourrait utilement servir de modèle à échelle internationale, ce qui rejoint la préoccupation exprimée par le Parlement européen quant à la nécessité de bien articuler les systèmes international et communautaire. La Commission et les États membres sont prêts à inciter l'Organisation maritime internationale (OMI) à travailler sur l'élaboration d'un code assurant un niveau de qualité élevé, au niveau mondial, dans le travail des sociétés de classification. Le Conseil et la Commission ont par conséquent souscrit une déclaration conjointe en ce sens.
En conclusion, la Commission estime que la position commune du Conseil répond pleinement aux préoccupations qui l’ont amené à soumettre sa proposition de refonte de la Directive 94/57/CE, et retient l'essentiel des mesures qu'elle a préconisées lesquelles, suite à la division de l'acte en un projet de directive et un projet de règlement, sont principalement reprises dans celui-ci. En outre, la position commune reprend la quasi totalité des amendements du Parlement européen que la Commission a été en mesure d'accepter en tout ou en partie. La Commission accepte par conséquent la position commune qui constitue une bonne base d'entente avec le Parlement européen en 2ème lecture.