Le Parlement européen a adopté 45 amendements à la proposition de la Commission lors de sa 1ère lecture. La position commune du Conseil, adoptée à la majorité qualifiée, tient compte des modifications qui ont été apportées à la proposition initiale en reprenant 4 amendements in extenso et 7 amendements dans leur principe. Toutefois, un nombre considérable d'amendements ne sont pas repris dans la position commune.
Le Conseil a introduit plusieurs modifications à la proposition qui peuvent se résumer comme suit:
Champ d'application: la Commission avait proposé que la directive s'applique à tous les aéroports dont le trafic annuel dépasse 1 million de mouvements de passagers ou 25.000 tonnes de fret. Le Conseil propose que la directive s'applique au plus grand aéroport de chaque État membre et à tous les aéroports dont le trafic est supérieur à 5 millions de passagers, ce qui s'accorde avec l'avis du Parlement.
Modulation des redevances pour des raisons d'ordre environnemental et d'autres raisons d'intérêt public : le Conseil a accepté d'inclure cette possibilité dans l'article sur la non discrimination. Cet ajout tient compte du souhait des États membres d'avoir la possibilité de promouvoir l'utilisation d'aéronefs plus respectueux de l'environnement au moyen d'une modulation des redevances aéroportuaires, ainsi qu'à d'autres fins.
Relation au coût : un nouveau considérant reflète le compromis entre, d'une part, le souhait de certains États membres que le montant des redevances aéroportuaires soit strictement lié au niveau du coût de prestation des services aéroportuaires (conformément aux recommandations politiques de l'OACI en matière de redevances aéroportuaires) et, d'autre part, un degré de souplesse approprié pour d'autres États membres, dont ceux qui estiment que cela pourrait avoir une incidence sur le fonctionnement des réseaux aéroportuaires.
Réseau aéroportuaire et système aéroportuaire : une définition de l'expression « réseau aéroportuaire » est introduite. Le texte précise en outre que les aéroports desservant la même ville ou agglomération urbaine peuvent appliquer un système de redevances commun.
Mesures de supervision économique : une nouvelle disposition relative à des mesures de supervision économique prévoit que les États membres qui recourent à des systèmes de supervision économique ne sont pas tenus d'appliquer la procédure de règlement des désaccords prescrite par la directive.
Délai de transposition : le Conseil a étendu à 36 mois le délai requis pour transposer la directive dans le droit national.
Le Conseil a, par ailleurs, examiné un certain nombre d'amendements, même s'il ne les a pas inclus dans sa position commune. Ces questions peuvent se résumer de la façon suivante:
Redevances de sûreté : la position commune n'a pas repris les amendements ayant trait au financement de la sûreté, car les préoccupations du Parlement en la matière sont déjà prises en compte avec l'entrée en vigueur du nouveau règlement relatif à la sûreté de l’aviation civile (règlement (CE) n° 300/2008). Ces préoccupations seront également prises en considération dans une initiative stratégique ultérieure de la Commission.
Préfinancement : la position commune reconnaît l'importance des nouveaux projets d'infrastructure et prévoit la possibilité de les financer tout en sauvegardant les intérêts des usagers des aéroports. Ce principe de préfinancement est déjà évoqué dans les textes de l'OACI, mais le Conseil a jugé plus approprié de ne pas l'inclure dans sa position commune, en raison des approches différentes adoptées par les États membres et de la nécessité de maintenir une certaine flexibilité.
Système de « caisse unique » ou de « caisse double » : le texte prévoit la création d'un cadre commun régissant les composantes essentielles des redevances aéroportuaires, et leur mode de calcul. Toutefois, les États membres devraient être libres d'autoriser les systèmes de « caisse unique » ou ceux de « caisse double », ou encore une combinaison des deux, sans être contraints d'adopter une législation qui rende obligatoire l'un ou l'autre de ces systèmes, ou de donner aux aéroports le droit de choisir le type de caisse qu'ils adoptent.
Applicabilité à tous les aéroports réunis dans un réseau : la position commune n'a pas retenu les amendements du Parlement pour des raisons de cohérence par rapport à l'approche globale à l'égard des réseaux, à savoir la non discrimination des réseaux entre États membres, la suppression de toute bureaucratie excessive dans les petits aéroports et l'absence d'un besoin concret, le Conseil jugeant infondé le risque d'un subventionnement croisé.
Enfin, la position commune n'a pas repris un certain nombre d'amendements concernant : les principes de la concurrence et des aides d'État ; la non-discrimination ; les conditions posées à l'intervention de l'autorité de contrôle indépendante et délégation d'autorité ; le niveau de service et qualité des services ; la référence aux facteurs déterminant le niveau des redevances ; les procédures de consultation ; le calendrier à respecter pour la présentation de modifications du système de redevances ; l’admissibilité des plaintes ; la transparence ; le délai pour les décisions de l'autorité de contrôle indépendante.