La Commission a accepté intégralement, en partie ou dans leur principe, 94 des 123 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. 37 amendements sont désormais repris, soit in extenso, soit en substance, dans la position commune.
La Commission a accepté les amendements qui explicitaient ou amélioraient le texte, ou qui introduisaient des références appropriées aux nouvelles règles de comitologie. En revanche, elle n'a pas accepté les amendements qui modifiaient la base juridique de la proposition, étaient superflus, manquaient de clarté ou introduisaient une insécurité juridique, pas plus que ceux qui créaient des contraintes administratives disproportionnées ou qui n'étaient pas compatibles avec l'objectif général de la directive.
Le Conseil a accepté de reprendre les amendements du Parlement concernant en particulier les nouvelles règles de comitologie, l'ajout d'une mention indiquant le recours aux méthodes ou techniques de substitution dans l'objet de la directive, la mise en place d'un portail internet par la Commission, la notion de formation continue, la fixation d'un intervalle maximal entre les inspections du matériel, et l'énoncé, en annexe, de principes généraux en matière de lutte intégrée contre les ravageurs.
La Commission estime que la position commune ne modifie pas de façon sensible l'approche ou les objectifs de sa proposition. Un certain nombre des modifications apportées par le Conseil clarifient la proposition. Bien que certains amendements affaiblissent la proposition, notamment en ce qui concerne l'inspection du matériel d'application, le traitement des demandes de dérogation et la protection de l'environnement aquatique, le texte reste dans son ensemble acceptable. En conséquence, la Commission soutient la position commune en l’état.