La Commission accepte dans leur intégralité un certain nombre d’amendements à la position commune, adoptés par le Parlement européen en 1ère lecture. Elle accepte partiellement un amendement et, dans leur principe, 3 amendements étant donné qu'ils intègrent des éléments provenant de sa proposition de directive concernant le respect des obligations des États du pavillon. Toutefois, ces amendements introduisent des définitions qui ne devraient s'appliquer qu'aux dispositions relatives aux obligations des États du pavillon.
La Commission note que le Conseil a dégagé un accord politique concernant sa proposition de directive concernant le respect des obligations des États du pavillon. L'accord politique concerne l'objet d’u certain nombre d’amendements de sorte que ces amendements ne sont plus nécessaires dans la perspective de la procédure de conciliation.