Bien que le Conseil soit d'accord avec la Commission quant à l'objectif de la proposition, il a introduit des modifications importantes par rapport à la proposition initiale. Le Conseil a jugé qu'un certain nombre de dispositions de la proposition n'étaient pas acceptables car elles font double emploi avec des règles de la législation communautaire en vigueur et des dispositions figurant dans d'autres propositions du troisième paquet sur la sécurité maritime.
En conséquence, la position commune adoptée à l’unanimité, modifie dans une large mesure la proposition initiale de la Commission en la reformulant et en supprimant plusieurs parties du texte. Les amendements introduits par le Parlement européen, dans le cadre de son avis en 1ère lecture, qui correspondent aux parties supprimées n'ont donc pas été acceptés par le Conseil.
Les questions politiques clés sont les suivantes :
Audit de l'État du pavillon : le Conseil suit la proposition de la Commission lorsqu'il s'agit d'instituer un audit indépendant de l'administration maritime des États membres. Il souhaite toutefois éviter de créer dans le cadre communautaire un système d'audit parallèle à celui mis en place au niveau international par le biais du système d'audit volontaire des États membres de l'OMI. Afin d'harmoniser les procédures d'audit et d'assurer des conditions d'égalité pour tous, la position commune prévoit donc l'obligation de demander à intervalles réguliers que les administrations fassent l'objet d'un audit de l'OMI et de publier le résultat de cet audit. L'intervalle prévu entre les audits est fixé à 7 ans, compte tenu des ressources disponibles au niveau de l'OMI.
La position commune prévoit, en outre, que lorsque le système d'audit de l'OMI deviendra obligatoire, la disposition correspondante de la directive expirera, soit automatiquement huit ans après l'entrée en vigueur de la directive soit à une date antérieure, au besoin, sur décision de la Commission conformément aux règles de la comitologie (procédure de réglementation).
Système de gestion de la qualité : le Conseil soutient la proposition de la Commission lorsqu'il s'agit de veiller à ce que les administrations maritimes des États membres remplissent des critères de qualité en matière de gestion de leurs activités. La position commune prend toutefois en considération la situation particulière des différents services concernés et laisse aux États membres le soin de déterminer les normes internationales qui sont applicables à la certification des différentes parties de leur administration.
De plus, dans le cadre de l'objectif consistant à améliorer les performances des États membres en tant qu'États du pavillon, le Conseil prévoit que les États membres qui figurent sur la liste noire ou qui figurent, pendant deux années consécutives, sur la liste grise des États du pavillon dressée dans le mémorandum d'entente de Paris sont tenus de transmettre un rapport sur leurs performances à la Commission. Ce rapport permet de répertorier les principales causes de la non-conformité, à savoir les raisons pour lesquelles l'État membre concerné n'a pas respecté les obligations qui lui incombaient en tant qu'État du pavillon.
Autres obligations incombant à l'État du pavillon : le Conseil a également simplifié la proposition de la Commission concernant les mesures à prendre avant d'accorder le droit de battre le pavillon d'un État membre et en cas d'immobilisation d'un navire battant le pavillon d'un État membre par l'État du port. À cet égard, le Conseil juge que, dans le cadre d'une directive, il convient que les États membres décident des mesures qui doivent être prises pour s'assurer que le navire concerné se conforme aux règles et règlements internationaux applicables ou soit mis en conformité avec ceux-ci.
Dans une déclaration faite parallèlement à la position commune, les représentants des gouvernements des États membres de l'Union européenne confirment que les États membres s'engagent à mettre tout en œuvre pour assurer une application rapide et efficace des conventions internationales sur la sécurité maritime, des règles de l'OMI relatives aux obligations incombant à l'État du pavillon et de l'audit de l'OMI.