La position commune du Conseil confirme les objectifs et la plupart des modalités proposés par la Commission et intègre, en totalité ou partiellement, 34 amendements votés en première lecture par le Parlement européen.
Le Conseil a introduit les modifications suivantes à la proposition initiale :
Amélioration de la disponibilité des médicaments vétérinaires : sur proposition du Parlement, des modifications ont été apportées à quelques dispositions, afin d'essayer d'améliorer la disponibilité des médicaments vétérinaires destinés aux animaux producteurs d'aliments, en particulier pour ce qui concerne des espèces ou des utilisations mineures. Plus particulièrement, le Conseil a clarifié les cas dans lesquels les États membres et la Commission peuvent solliciter l'avis de l'Agence au sujet des LMR. En substance, il est proposé de se rallier à l'optique adoptée dans l'avis du Parlement. En outre, le Conseil a estimé qu'il était préférable d'ajouter des dispositions concernant les modalités de financement des évaluations réalisées afin de déterminer les LMR des substances actives contenues dans des produits biocides. Par ailleurs, le Conseil a apporté certains changements dans le but de mettre l'accent sur l’importance d'assurer un degré élevé de protection de la santé humaine.
Fixation/réexamen et mise en œuvre des valeurs de référence: à la lumière d'une série d'amendements proposés par le Parlement, plusieurs dispositions ont été adaptées afin de clarifier la proposition de la Commission en ce qui concerne en particulier la définition des valeurs de référence et les conditions relatives à la fixation et au réexamen de ces valeurs. Les conditions relatives à la mise sur le marché de denrées alimentaires d'origine animale ont également été précisées. De même, les mesures à prendre en cas de présence d'une substance interdite ou non autorisée ont été définies.
Rapport au Parlement européen et au Conseil : le Conseil a également suivi le Parlement en demandant à la Commission de présenter un rapport sur les enseignements à tirer de l'application du règlement, au plus tard cinq ans après l'entrée en vigueur de celui-ci. Le rapport devra se pencher en particulier sur les substances classées en vertu du règlement et ayant un usage multiple.
À l'instar de la Commission, le Conseil n'a pas été en mesure d'accepter 5 amendements. Contrairement au Parlement, le Conseil estime qu'il est essentiel de maintenir une double base juridique, étant donné que la proposition touche au fonctionnement du marché intérieur pour les produits d'origine animale figurant à l'annexe I du traité. De plus, le Conseil n'a pas été en mesure d'accepter la procédure de réglementation avec contrôle (comitologie) s’agissant de la fixation des LMR des substances spécifiques. Enfin, le Conseil n’a pu marquer son accord sur la suppression totale de la clause de libre circulation.