Dans sa position commune, le Conseil a repris en totalité ou partiellement 24 des 27 amendements adoptés par le Parlement européen en 1ère lecture. En ce qui concerne les amendements repris en partie dans la position commune, il convient de mentionner les points suivants :
- le Conseil a opté pour une formulation plus précise en ce qui concerne la description de l'exclusion prévue pour les biens déclarés oralement aux douanes ;
- pour ce qui est de la disposition relative aux mesures d'exécution, le Conseil estime que les compétences d'exécution devraient concerner la collecte des données suivantes : détermination des sources de données autres que la déclaration en douane et données statistiques communiquées par les opérateurs économiques bénéficiant de nouvelles simplifications des formalités et contrôles en matière douanière. En outre, le Conseil a souligné la nécessité de mettre en place un système efficace capable de réduire au minimum la charge administrative ;
- les États membres peuvent continuer à utiliser d'autres sources de données pour l'établissement de leurs statistiques nationales jusqu'à la date de mise en œuvre d'un mécanisme d'échange mutuel de données.
Le Conseil a également introduit de nouveaux éléments dans sa position commune en plus des amendements du Parlement qu'il a repris :
- Un considérant explique que l'introduction, dans le code des douanes modernisé, de facilités, sous la forme de simplifications des formalités et contrôles, dont peuvent bénéficier les opérateurs, risque d'entraîner l'absence de déclarations en douane; dans la mesure où ces déclarations constituent la source des données statistiques du commerce extérieur, le règlement doit prévoir des mesures garantissant la transmission de données statistiques par les opérateurs qui bénéficient de facilités ;
- Un autre considérant fait référence à la décision relative à l'informatisation des douanes (e-customs), sur la base de laquelle des systèmes douaniers électroniques ont été mis en place pour l'échange des données figurant dans les déclarations en douane.
- Source des données : un nouveau paragraphe établit le principe selon lequel les opérateurs qui bénéficient de facilités pouvant entraîner l'absence de déclarations en douane et des données statistiques correspondantes devraient fournir ces données statistiques. Le Conseil a en outre ajouté une phrase visant à faire en sorte de réduire au minimum la charge administrative que le processus de collecte de données fait peser sur le commerce et les administrations.
- Échange de données : le Conseil n’a pas repris l’amendement du Parlement car il estime que, à compter de la date de la mise en œuvre d'un mécanisme d'échange mutuel de données par voie électronique, les enregistrements des importations et des exportations devraient être transmis à l'autorité statistique nationale de l'État membre désigné sur l'enregistrement comme étant l'État membre de destination, à l'importation, et l'État membre d'exportation réel, à l'exportation. De plus, ce mécanisme devrait être mis en œuvre au plus tard lorsque la partie correspondante du code des douanes modernisé sera applicable.