La Commission a accepté entièrement ou en principe 24 des 27 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. Ces amendements renforcent le système de comitologie ou concernent la terminologie, les références juridiques et l’intention (considérants) de la proposition de la Commission sans modifier les objectifs fondamentaux de la réforme. Ils ne représentent donc pas un obstacle majeur pour la Commission.
En ce qui concerne les trois amendements restants, l’un d’entre eux est accepté partiellement par la Commission et le Conseil (amendement sur l’échange de données), un autre est intégré dans la position commune (amendement sur la suppression de l’enregistrement des «quotas d’importation»), mais la position de la Commission sur les amendements du Parlement en première lecture du 23 septembre 2008 recommandait de ne pas l’accepter. Le troisième amendement (sur l’exclusion de la collecte des statistiques si les douanes appliquent l’autoévaluation) est rejeté par les deux institutions: le Conseil et la Commission.
Les modifications introduites par la position commune du Conseil sont acceptables pour la Commission, à l’exception de la suppression des «quotas d’importation». La Commission soutient la position commune en l’état.