Le Conseil a repris intégralement, partiellement ou dans leur principe 75 des amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. Le Conseil est également d’accord, sur le principe, avec un certain nombre d’amendements déjà couverts par la proposition de la Commission. Au total, 92 amendements du Parlement européen correspondent au moins à l'esprit de la position du Conseil.
Dans la position qu'il a adoptée en première lecture, le Conseil a introduit un certain nombre de changements par rapport au texte de la proposition de la Commission, concernant notamment:
Champ d'application du projet de règlement : il est spécifié que le projet de règlement s'applique aux activités des exploitants du secteur alimentaire ;
Imitation: le Conseil a introduit des dispositions visant à éviter que les informations sur les denrées alimentaires n'induisent le consommateur en erreur en suggérant la présence d'une denrée ou d'un ingrédient déterminé alors qu'il s'agit en fait d'une denrée dans laquelle un composant présent naturellement ou un ingrédient normalement utilisé a été remplacé par un composant différent ou un ingrédient différent. Le Conseil exige en outre l'étiquetage du composant ou de l'ingrédient utilisé en remplacement ;
Nom sur l'étiquette: il est obligatoire de mentionner sur l'étiquette le nom et l'adresse de l'exploitant du secteur alimentaire responsable des informations sur les denrées alimentaires; des noms et adresses supplémentaires peuvent être inclus sur une base volontaire afin d'identifier d'autres exploitants du secteur alimentaire intervenant dans le processus de fabrication ;
Vente à distance : il est exigé que, pour les denrées alimentaires préemballées, toutes les informations obligatoires, à l'exception de la date de durabilité minimale ou la date limite de consommation soient fournies avant la conclusion de l'achat; en tout état de cause, toutes les mentions obligatoires doivent être fournies au moment de la livraison ;
Boissons alcoolisées: le Conseil indique de façon plus précise les objectifs du rapport concernant l'exemption applicable aux boissons alcoolisées, qui sera présenté par la Commission dans les cinq ans suivant l'entrée en vigueur du projet de règlement ;
Pays d'origine ou lieu de provenance: l'indication du pays d'origine ou du lieu de provenance est obligatoire: a) dans les cas où son omission serait susceptible d'induire en erreur le consommateur; b) pour la viande porcine, ovine et caprine et la viande de volaille, en plus des produits pour lesquels elle est déjà obligatoire en vertu de la législation verticale, sous réserve d'un rapport à présenter par la Commission dans les cinq ans qui suivent la date d'application de l'étiquetage obligatoire.
En ce qui concerne les autres produits, la Commission est tenue de présenter un rapport dans un délai de trois ans à compter de l'entrée en vigueur du règlement afin d'évaluer la faisabilité, de réaliser une analyse des coûts et des avantages de l'introduction de l'indication du pays d'origine ou du lieu de provenance de ces produits, y compris les aspects juridiques concernant le marché intérieur, et leur incidence sur le commerce international. Le Conseil exige en outre que soit indiquée l'origine de l'ingrédient primaire si elle est différente de celle du produit alimentaire ;
Déclaration nutritionnelle: les éléments devant figurer dans la déclaration nutritionnelle obligatoire sont la valeur énergétique et la quantité de graisses, d'acides gras saturés, de glucides, de sucres, de protéines et de sel; le contenu de la déclaration peut être complété, sur une base volontaire, par les éléments mentionnés dans le texte (ex : acides gras trans, acides gras mono-insaturés, acides gras polyinsaturés, etc..); tous ces éléments devraient se trouver dans le même champ visuel (sur la face avant de l'emballage ou ailleurs). En outre, une partie des informations pourrait être répétée dans un autre champ visuel (sur la face avant de l'emballage ou ailleurs) ;
Expression pour 100g ou 100 ml : l'expression pour 100g ou 100 ml, qui permet de comparer des produits similaires, est obligatoire dans tous les cas. L'expression « par portion » est permise en plus de l'expression susvisée ;
Denrées alimentaires non préemballées: en principe, pour les denrées alimentaires non préemballées, les seules informations obligatoires sont celles concernant les allergènes. Toutefois, les États membres peuvent, au niveau national, établir que d'autres mentions énumérées à l'article 9 (liste des mentions obligatoires) ou à l'annexe III sont obligatoires. Ils peuvent aussi déterminer la manière dont les informations doivent être mises à disposition ;
Formes d'expression et de présentation complémentaires: en cohérence avec les amendements du Parlement européen, le Conseil a supprimé le chapitre de la proposition de la Commission concernant les « régimes nationaux ». Le Conseil a défini un cadre minimum au niveau de l'Union européenne pour les formes d'expression et de présentation complémentaires ;
Compétences d’exécution et actes délégués: la base juridique a été mise en adéquation avec le traité; en outre, la terminologie a été adaptée et de nouvelles règles concernant les pouvoirs conférés à la Commission pour la mise en œuvre du règlement ont été incorporées au texte.
Mesures transitoires, application : les mesures adoptées par la Commission comprendront une période de transition devant permettre la commercialisation des denrées étiquetées jusqu'à épuisement des stocks.
Le règlement sera applicable après une période de trois ans à compter de son entrée en vigueur, à l'exception de ce qui concerne les articles 29 à 34 (déclaration nutritionnelle), qui seront applicables après une période de cinq ans à compter de l'entrée en vigueur. Toutefois, l'application des règles concernant la déclaration nutritionnelle peut être anticipée.