Le Parlement européen a adopté par 561 voix pour, 59 contre et 12 abstentions, une résolution législative sur la proposition de directive du Parlement européen et du Conseil modifiant certaines directives dans les domaines de l'environnement, de l'agriculture, de la politique sociale et de la santé publique en raison du changement de statut de Mayotte à l'égard de l'Union.
La position en première lecture arrêtée par le Parlement suivant la procédure législative ordinaire modifie la proposition de la Commission comme suit :
Le Parlement a précisé qu’à la suite du changement du statut juridique de Mayotte, le droit de l'Union s'appliquera à Mayotte à compter du 1er janvier 2014. Des mesures spécifiques devraient donc être prévues dans un certain nombre de domaines, en raison de la situation structurelle particulière de Mayotte sur le plan social, environnemental et économique ainsi que de son nouveau statut de région ultrapériphérique.
Dans le cas des poules pondeuses, les députés ont proposé que les cages classiques non aménagées puissent être utilisées jusqu'au 31 décembre 2017.
Une seconde série d'amendements se rapporte aux systèmes de collecte des eaux usées et aux seuils au-dessus desquels les agglomérations devraient mettre de tels systèmes en place.
La France devrait ainsi veiller à ce que toutes les agglomérations soient équipées de systèmes de collecte des eaux urbaines résiduaires : i) au plus tard le 31 décembre 2020 pour les agglomérations dont l’équivalent habitant (EH) est supérieur à 15.000 ; ii) au plus tard le 31 décembre 2027 pour toutes les agglomérations dont l'EH est supérieur à 2.000.
La directive s’appliquerait à partir du 1er janvier 2014.