Conformément au règlement (CE) nº 58/2003 du Conseil portant statut des agences exécutives chargées de certaines tâches relatives à la gestion de programmes communautaires, et notamment son article 14, par. 3, et au règlement (CE) nº 1653/2004 de la Commission portant règlement financier type des agences, le Conseil est tenu d'adresser au Parlement européen des recommandations concernant la décharge à octroyer aux agences exécutives.
Lors de sa réunion des 16 et 30 janvier, et du 8 février 2018, le Comité budgétaire a examiné les rapports spécifiques établis par la Cour des comptes européenne, sur les comptes annuels des agences exécutives. Après avoir examiné le compte de gestion de l'exercice 2016 et le bilan financier de l’ensemble des agences exécutives ainsi que le rapport de la Cour des comptes sur les comptes annuels des agences, accompagné de leurs réponses respectives, le Conseil recommande au Parlement européen de donner décharge au directeur de chacune des agences visée sur l'exécution de leur budget respectif pour 2016.
Il considère toutefois que les observations contenues dans le rapport de la Cour des comptes appellent de la part du Conseil à un certain nombre de commentaires qui ne sont pas de nature à remettre en question l’octroi de la décharge.
De manière générale, le Conseil appelle toutes les agences exécutives à améliorer leur programmation financière ainsi que le suivi de l’exécution de leur budget respectif afin de réduire au strict minimum le niveau de leurs engagements reportés sur l'exercice suivant, conformément au principe budgétaire d'annualité.