La position commune reprend en substance 11 des 18 amendements proposés par le Parlement européen, très souvent sous la forme figurant dans la proposition modifiée de la Commission. Les amendements retenus concernent essentiellement la Convention d'Helsinki, les navires respectueux de l'environnement, l'évaluation de la mise en oeuvre de la directive, les navires exclus du champ d'application, l'agrément des plans de réception des déchets, les redevances, les inspections et le report de l'application de la directive aux eaux résiduaires.
Les principaux éléments de la position commune sont les suivants:
- chaque port communautaire s'assure que des installations de réception des déchets adéquates sont disponibles pour les navires qui y font habituellement escale. Un plan de réception et de traitement des déchets, contenant une description des besoins et des installations est établi;
- tous les navires faisant escale dans un port communautaire doivent déposer leurs déchets d'exploitation dans ce port à moins qu'ils ne soient dotés d'une capacité de stockage spécialisée suffisante pour déposer ces déchets dans un port suivant;
- le coût des installations de réception portuaires est couvert par une redevance perçue sur les navires. Le système de recouvrement des coûts ne doit pas encourager le rejet des déchets en mer. Il est constitué d'un élément non spécifique fixe et, éventuellement, d'un élément variable dépendant des quantités et des types de déchets effectivement déposés;
- les Etats membres mettent la directive en oeuvre 24 mois après sa publication au Journal officiel. Ils mettent en place un cadre administratif approprié pour en assurer l'excution et le contrôle.�