La position commune du Conseil intègre 6 des amendements proposés par le Parlement européen en première lecture, que la Commission a acceptés et introduits dans sa proposition modifiée. La principale conséquence de l'incorporation de ces amendements est qu'il n'y a pas de plafond pour les taxes sur les véhicules. Ces taxes doivent être supérieures aux niveaux minimaux requis par la directive, qu'un système de redevances d'utilisation soit appliqué ou non. De plus, la Grèce bénéficie temporairement d'une réduction de 50% sur les redevances d'utilisation sur le fondement d'une disposition spécifique.
La position commune s'écarte de la proposition modifiée sur de nombreux points:
- le Conseil n'a pas suivi la Commission en ce qui concerne les concepts de coûts externes et d'itinéraires sensibles et a écarté toutes les dispositions et références relatives à ces concepts;
- le Conseil n'a suivi ni la Commission, ni le Parlement européen sur la question de la différenciation de la taxation en fonction des catégories d'émission (EURO) des véhicules. Il a donc conservé dans la nouvelle directive les mêmes taux minimaux de taxation des véhicules que dans la directive 93/89/CEE;
- sur la question des redevances d'utilisation, la position commune est plus proche de l'avis du Parlement que de la Commission, car elle prévoit une différenciation des taux minimaux selon deux classes fondées sur le nombre d'essieux des véhicules et selon trois classes d'émission. Les plafonds applicables aux redevances d'utilisation inclus dans la position commune sont inférieurs à ceux proposés aussi bien par le Parlement que par la Commission.
Le Conseil a par ailleurs introduit de nouvelles dispositions concernant les points suivants:
- en ce qui concerne la base juridique de la directive, le Conseil a ajouté l'art. 99 du Traité CE en raison de la nature fiscale des dispositions du chapitre II de la directive relatif à la taxation annuelle des véhicules;
- sur la question des péages, la position commune introduit la possibilité de différencier leurs taux selon les classes d'émission des véhicules et l'heure à laquelle les infrastructures sont utilisées;
- en ce qui concerne les redevances d'utilisation, une disposition spéciale a été insérée dans la position commune autorisant l'Autriche à établir un péage sur la section autoroutière reliant Kufstein au Brenner en conformité avec les conditions générales d'application des redevances d'utilisation prévues par la directive.�