La position commune reprend, en totalité ou en partie, 13 des 33 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. Outre les modifications résultant des amendements du Parlement européen, la plupart des changements introduits dans la position commune tendent à rendre la proposition moins stricte en introduisant de nouvelles exemptions et en allongeant les délais. Ils portent essentiellement sur les points suivants:
- définitions: la durée de l'exemption pour le stockage temporaire avant valorisation ou traitement a été allongée de un à trois ans. Les définitions des implantations isolées ou des petites îles ont été modifiées. Un nouveau paramètre pour les zones d'accès difficile est introduit. En outre, la capacité totale des décharges exemptées sur les petites îles passe de 10.000 à 15.000 tonnes ou à une mise en décharge annuelle n'excédant pas 1.000 tonnes;
- champ d'application: une exemption pour le dépôt de déchets non dangereux autres que les déchets inertes provenant d'activités minières a été incluse. Des exemptions ont été introduites pour le contrôle des eaux, la gestion des lixviats et le contrôle des gaz prévus à l'annexe I et à l'annexe III pour le stockage souterrain;
- déchets et traitements non admis dans les décharges: les objectifs de réduction des déchets biodégradables à 75% en 2002, 50% en 2005 et 25% en 2010, ont été modifiés pour devenir 75% en 2006, 50% en 2009 et 35% en 2016. En outre, une possibilité de dérogation (jusqu'à quatre ans pour les Etats membres qui mettent en décharge plus de 80% des déchets collectés) ainsi qu'une clause de révision ont été introduites;
- déchets admis dans les différentes catégories de décharges: la possibilité d'éliminer des déchets dangereux non réactifs et stables dans les décharges pour déchets non dangereux a été introduite;
- coût de la mise en décharge des déchets: la période considérée pour l'estimation des coûts de la désaffection et de l'entretien du site désaffecté passe de 50 à 30 ans;
- décharges existantes: le délai pour que les décharges existantes soient conformes à la directive a été étendu de cinq à huit ans. S'agissant des décharges pour déchets dangereux existantes, le délai a été ramené de deux à un an en ce qui concerne certaines dispositions de la directive et il a été augmenté de deux à trois ans pour d'autres dispositions de la directive;
- exigences générales pour toutes les catégories de décharges (annexe I): l'exigence visant à imposer une distance minimale uniforme entre les décharges et les zones d'habitation a été supprimée;
- critères et procédures d'admission des déchets (annexe II): cette annexe a été étoffée de manière à énumérer les différents critères d'admission que le comité technique devra établir.�