La proposition modifiée de la Commission reprend 31 des 40 amendements approuvés par le Parlement européen intégralement ou en partie. Les amendements repris portent en particulier sur les considérants ou visent à renforcer ou à détailler certaines dispositions. Parmi les principaux amendements repris on retiendra la mise en avant des actions visant à promouvoir la défense des droits de l'homme ainsi que le respect et la protection des minorités existantes, l'ajout des administrations et des organismes publics aux bénéficiaires des financements, l'information de la commission parlementaire mixte et du comité mixte UE-Turquie de la programmation indicative prévue au titre de ce règlement, le contenu du rapport annuel à transmettre au Parlement européen et au Conseil sur les actions financées. Les amendements repris en partie portent quant à eux sur la comitologie, l'inscription du montant de référence financière dans le cadre d'une enveloppe méditerranéenne (et non du programme MEDA), l'objectif de développement économique (et non "politique") de la Turquie, la consultation du Parlement sur les actions prioritaires à développer, l'absorption des aides par les petites ONG à but non lucratif et les échanges de vues annuels sur les actions à mener dans le cadre de la coopération.
La Commission a également modifié l'article 2 de la proposition afin de l'harmoniser avec l'article correspondant du règlement "Union Douanière".
Elle a également ajouté une référence au Conseil Européen d'Helsinki des 10/11 décembre 1999 qui visait à faire de la Turquie un candidat à l'adhésion à part entière.
Les 9 amendements rejetés portent plus précisément sur :
- "l'éligibilité" de la Turquie à l'adhésion à l'Union Européenne (le Conseil de Luxembourg n'a pas émis de condition à l'éligibilité de la Turquie, les critères étant ceux valant pour tous les pays candidats);
- la suspension de la coopération par le Conseil sur proposition du PE ou de la Commission : pour la Commission, il n'existe de droit d'initiative du PE en la matière;
- l'octroi d'aides pour les dommages causés par les tremblements de terre récents : la reconstruction suite au tremblement de terre n'est pas l'objet du règlement dont la finalité est de rapprocher la Turquie de l'UE;
- l'aide à l'affirmation de l'identité culturelle de certaines populations ou à la lutte contre la peine de mort : la Commission s'en tient à la défense et à la protection des minorités et refuse d'intégrer des actions visant à lutter contre la peine de mort dans le dispositif même si elle est disposée, si l'occasion se présente, à financer des initiatives dans ces domaines;
- l'aide au règlement du conflit avec le peuple kurde : la Commission ne reprend pas la proposition d'amendement du PEmais confirme que son texte permet de financer entre autre des actions concernant le peuple kurde et ses relations avec les autres citoyens turcs;
- la rédaction d'un rapport sur les progrès accomplis au regard du respect des principes démocratiques, de l'État de droit et des libertés fondamentales : la Commission publie d'office dans son "rapport régulier" sur tous les pays candidats, des informations sur l'évolution de la situation des droits de l'homme dans chacun des pays concerné;
- les évaluations régulières des actions financées par la Communauté : la Commission soumet déjà au comité un résumé des évaluations réalisées qui pourraient être examinées par le Parlement Européen et les États membres qui le souhaitent;
- l'exclusion du champ des actions éligibles de projets de développement de l'énergie nucléaire dans les zones exposées aux tremblements de terre : selon la Commission, cet amendement attire inutilement l'attention sur l'affaire "Akuya". Tout en ne reprenant pas ce amendement, elle confirme toutefois qu'elle n'a pas l'intention de monter un projet en Turquie dans le domaine de l'énergie nucléaire.�