La proposition modifiée de la Commission retient, en totalité ou en partie, 40 des 51 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture. Les principales modifications apportées à la proposition initiale concernent les points suivants :
- comitologie : l'utilisation initialement proposée de la procédure de gestion pour l'adoption des mesures de mise en oeuvre a été remplacée par la procédure réglementaire conformément à la décision 1999/468/CE du Conseil fixant les modalités de l'exercice des compétences d'exécution conférées à la Commission;
- surveillance épidémiologique et utilisation des tests rapides pour la détection des EST : la Commission a repris les amendements concernant l'utilisation plus large mais plus responsable des tests rapides post-mortem, l'élargissement et la clarification de la définition des animaux suspects, l'introduction d'une définition du test de diagnostic rapide avec toutefois la possibilité de déléguer l'évaluation et non l'agrément de ces tests à un organisme externe et leur approbation réglementaire par la Commission, pour chaque utilisation distincte, dans le cadre d'une procédure réglementaire et enfin, l'attribution d'un rôle plus significatif aux résultats des dépistages utilisant des tests rapides chez les populations de bovins dans la classification des pays au regard de l'ESB;
- classification des pays en fonction de leur statut épidémiologique au regard de l'ESB : l'article de la proposition relatif à la classification des pays en fonction de leur statut au regard de l'ESB souligne à présent plus nettement la pertinence des critères et des facteurs de risques recommandés par l'OIE. En outre, un lien a été établi
avec les résultats du programme annuel de surveillance utilisant les tests rapides et il est maintenant possible de demander la collecte à grande échelle de statistiques probantes dans les cas où il existe un doute quant au statut des pays au regard de l'ESB. En revanche, les États membres ou pays tiers souhaitant être placés dans une catégorie plus favorable peuvent également demander un dépistage à grande échelle pour vérifier leur statut au regard de l'ESB;
- matériels à risques spécifiés (MRS) : un réexamen des limites d'âge pour l'enlèvement des MRS a été entrepris dans le cadre d'une procédure de comitologie, afin d'établir la probabilité statistique d'apparition d'une ESB au sein des
cohortes destinées à l'abattage. Toutefois, la révision annuelle obligatoire et le délai fixé au 1er janvier 2001 pour la première révision ont été remplacés par des révisions "régulières". La soumission à la procédure de codécision du principe visant à accorder des dérogations aux dispositions relatives à l'enlèvement des MRS dans les zones à hauts risques et du principe de l'application effective de l'interdiction d'alimentation tient compte des amendements du Parlement. La Commission a également retenu la proposition de ne plus exiger la désignation des os longs des bovins comme MRS;
- interdiction d'alimentation : les amendements concernant l'interdiction de certaines protéines dans l'alimentation du cheptel ont été retenus. Toutefois, le texte de l'annexe a étéreformulé afin de permettre d'étendre l'interdiction d'alimentation quel que soit le statut du pays concerné au regard de l'ESB. La proposition a également été modifiée afin de garantir que les ingrédients interdits pour l'alimentation ne puissent pas être stockés, ni exportés, ni importés. Par ailleurs, il est proposé d'exclure de l'interdiction la gélatine obtenue à partir du cuir et de la peau mais d'étendre l'interdiction aux produits sanguins d'origine bovine pour l'alimentation des ruminants;
- éradication de la maladie : une nouvelle exigence a été ajoutée qui soumet les États membres à l'obligation de rendre régulièrement compte à la Commission de tous les cas suspects. De même, est introduite une obligation de signaler chaque mois à la Commission tous les cas confirmés d'EST.
Les amendements proposant l'abattage du troupeau complet lorsqu'une ESB est détectée ont été pris en compte, à la condition qu'une dérogation soit possible dans les cas où la
Commission a approuvé des mesures équivalentes dans
le cadre d'une procédure de comitologie. La Commission a également retenu l'amendement proposant de supprimer l'obligation d'abattre les cohortes de bovins ayant reçu les mêmes aliments si des mesures équivalentes sont applicables, à condition que ces mesures soient approuvées au cas par cas dans le cadre d'une procédure de comitologie.�