La Commission a modifié sa proposition à la lumière des amendements du Parlement européen. Les principaux changements introduits dans le texte concernent les points suivants :
- Objet et champ d'application : la Commission accepte en partie l'amendement du Parlement soulignant que le règlement vise à améliorer les transports publics. Le règlement continue à s'appliquer à l'ensemble du secteur des transports publics. La Commission accepte toutefois que les trains historiques soient exclus du champ d'application du règlement;
- Relations avec le droit des marchés publics : la proposition continue à accorder la priorité aux règles qui figurent dans les directives sur les marchés publics, lorsqu'elles sont applicables. Les règles de concurrence fixées dans les directives sur les marchés publics ne sont pas applicables à tous les contrats. Elles ne s'appliquent pas : aux concessions de services; aux contrats relatifs au chemin de fer lourd, au métro et aux voies navigables; à certaines situations dans lesquelles l'opérateur est étroitement lié à l'autorité pour laquelle il fournit le service, ou lorsqu'il est un organisme "de droit public". Ce sont donc ces contrats qui seront couverts par les règles de concurrence fixées par le règlement. La Commission accepte l'amendement visant à préciser quels sont les contrats qui sont couverts par les règles de concurrence du règlement, et quels sont les contrats qui sont couverts par les dispositions des directives sur les marchés publics;
- Devoirs des autorités compétentes : la Commission modifie sa proposition dans le sens de l'amendement du Parlement qui approfondit la notion de transports suffisants, tout en précisant qu'il s'agit là d'un objectif à rechercher et non d'un résultat à atteindre quelles que soient les circonstances;
- Critères : la directive énumère les facteurs que les contrats doivent prendre en compte. Le nouveau texte intègre les amendements qui renforcent la protection des consommateurs et de l'environnement. Il précise également que les contrats tiennent compte des conditions de travail ainsi que de la santé et de la sécurité du personnel. La Commission ajoute un nouvel article 4 bis, paragraphe 2, pour aider les autorités à développer les transports régionaux transfrontières;
- Information des voyageurs : la Commission accepte l'amendement du Parlement qui améliore l'information fournie aux personnes à mobilité réduite;
- Attribution des contrats de service public : la Commission retient l'amendement qui fait passer la durée type maximale des contrats de 5 ans à 8 ans (pour les autobus) et à 15 ans (pour le chemin de fer). Le nouveau texte prévoit, comme le texte initial, des contrats ferroviaires d'une durée encore plus longue si nécessaire pour l'investissement. Les autorités compétentes peuvent toujours introduire des dispositions non discriminatoires en matière d'indemnisation si elles le souhaitent;
- Contenu des contrats de service public : la Commission retient les amendements qui encouragent les bonnes pratiques en matière de contrats. Elle introduit dans le dispositif même du texte des dispositions concernant la portée géographique des contrats;
- Attribution directe de contrats de service public : la proposition initiale autorise les autorités compétentes à attribuer des contrats pour des services de métro et de métro léger sans passer par la concurrence lorsque cette démarche est la plus efficace. La Commission accepte les amendements qui élargissent la base de cette exception. Elle reprend également l'amendement visant à relever le seuil général de dérogation prévu à l'article 7, paragraphe 4, pour passer d'une valeur annuelle de 400.000 EUR à 1.000.000 EUR. Pour les petits réseaux, le seuil de dérogation passe de 800.000 EUR à 3.000.000 EUR;
- Clauses de sauvegarde pour les contrats attribués directement : le nouveau texte comporte trois clauses de sauvegarde: les autorités compétentes doivent prendre leurs décisions d'une manière qui permet le débat public; dans ce cadre, les concurrents peuvent présenter un projet alternatif propre; les autorités compétentes doivent examiner les performances des opérateurs tous les cinq ans;
- Mesures d'urgence : la Commission retient les amendements qui permettent aux autorités compétentes d'attribuer directement des contrats dans les cas d'urgence, lorsque l'opérateur fait faillite par exemple;
- Clauses de sauvegarde : le nouveau texte précise et renforce les dispositions de la directive en la matière. Il étend la capacité des autorités à protéger les employés lorsque les contrats passent dans d'autres mains. La proposition initiale limitait cette protection aux contrats comprenant un droit exclusif. Le nouveau texte supprime cette limitation. En application du Traité, les autorités compétentes peuvent insister pour que les opérateurs s'établissent dans l'État membre concerné. Cependant, les opérateurs d'autres pays devraient conserver la possibilité de soumissionner sans être établi dans cet État. Le nouveau texte contient les dispositions nécessaires à cette fin, et les précise;
- Mesures transitoires : la Commission accepte partiellement les amendements qui étendent la période de transition de 3 à 8 ans. Elle ajoute une disposition exigeant des autorités compétentes qu'elles appliquent le règlement en deux étapes, en commençant quatre ans après l'entrée en vigueur du règlement et en finissant huit ans après.
- Statut particulier des opérateurs locaux du secteur public: l'amendement le plus important est celui qui crée un nouvel article 8 visant à protéger de la concurrence les services de transports publics de proximité, si l'autorité compétente décide de fournir elle-même ces services. La Commission prend en compte cet amendement en ajoutant à l'article 17, les nouveaux paragraphes 2 et 3 : ils autorisent les autorités compétentes à décider de fournir elles-mêmes des services d'autobus pendant une période transitoire longue de huit ans, sans obligation de commencer à supprimer ces dispositions après quatre ans. Au-delà de cette période, les autorités ne peuvent maintenir un tel régime qu'à la condition de n'accorder aucun droit exclusif. Cela signifie que d'autres opérateurs seront alors libres d'offrir des services supplémentaires commercialement rentables aux habitants de la région. Dans ce cas, les autorités doivent instaurer des règles générales appropriées afin d'assurer la qualité et l'intégration des services. Le maintien d'un tel régimenécessiterait l'approbation de la Commission.�