La commission a adopté le rapport de John BOWIS (EPP-ED, UK) qui modifie la proposition en 1ère lecture de la procédure de codécision. Elle propose, entre autres, l'introduction de deux représentants du Parlement européen dans la composition du conseil d'administration et l'extension de celui-ci de sorte que chaque pays membre ait droit à un représentant. De plus, le Parlement devrait jouer un rôle dans la procédure de nomination du directeur, par le biais d'une audition du candidat retenu.
Les députés ont aussi voulu élargir la mission du Centre. Ainsi, en plus de l'obligation d'évaluer les risques posés par les maladies transmissibles et d'autres menaces graves pour la santé, la commission précise que "lorsqu'il existe d'autres foyers d'une maladie grave, notamment lorsque des agents pathogènes biologiques et non biologiques sont une cause possible de la maladie, et si celle-ci est susceptible de se propager sur le territoire ou jusqu'au territoire de la Communauté, le Centre agit de sa propre initiative jusqu'à ce que la source de l'épidémie soit connue, puis, le cas échéant, en collaboration avec l'autorité compétente concernée ou avec des autorités compétentes reconnues".
Par ailleurs, le Centre devrait localiser les régions où la recherche appliquée doit être mise en oeuvre et définir les objectifs de cette recherche, ainsi que contribuer à l'amélioration de la prévention et du contrôle des maladies humaines au sein de la Communauté européenne. S'agissant de l'identification des menaces émergentes pour la santé, il faut, selon les députés, couvrir les menaces pour la santé tant physique que mentale. Une des tâches essentielles du Centre devrait consister aussi à veiller au bon fonctionnement des réseaux de surveillance spécialisés, notamment en harmonisant et en rationalisant les méthodes de surveillance.
Les députés font valoir que la Commission ne devrait pas être la seule à bénéficier de la capacité technique de recherche du Centre. Ils ont donc modifié le texte afin de permettre aux États membres, aux pays tiers et aux organisations internationales (en particulier, l'OMS) de demander au Centre de fournir une assistance scientifique ou technique. Ils ont précisé que "le Centre répond aux demandes dans les limites de sa capacité financière et de son mandat".
Pour que le public puisse accéder plus facilement à l'information, les députés demandent que le Centre dispose de son propre site Web afin de faire connaître ses activités et qu'il publie également ses avis. Enfin, ils estiment que, outre la première évaluation externe, prévue trois ans après l'entrée en vigueur du règlement, il conviendrait de prévoir d'autres évaluations à intervalles de cinq ans. L'évaluation devrait porter sur la nécessité éventuelle d'élargir la mission du Centre. �