L'extension de la procédure de codécision prévue dans le traité d'Amsterdam, qui attribue des pouvoirs législatifs plus larges au PE avec une véritable parité avec le Conseil, oblige à revoir la question du pouvoir d'exécution de la Commission, et en particulier la délicate question de la "comitologie". En fait, en devenant vraiment une des branches du pouvoir législatif, le PE veut s'assurer le pouvoir de contrôler les mesures d'exécution des actes pris selon la procédure de codécision, non pas pour s'accaparer la fonction exécutive, mais pour éviter que ces mesures d'exécution puissent porter atteinte à ses compétences législatives, en contrariant ou en dépassant l'acte de base qu'elles sont sensées exécuter ("protection du domaine législatif"). La proposition de la Commission sur les nouvelles modalités de l'exercice de des compétences d'exécution ne répond pas aux attentes du PE, selon le rapport de Mme Maria Adelaide AGLIETTA (V, I), adopté par 11 pour, 1 contre et 4 abstentions par la Commission
Le rapport prône un contrôle des activités exécutives de la Commission par les deux branches du pouvoir législatif sur un pied d'égalité. Beaucoup d'amendements vont dans ce sens, car la proposition de la Commission continue, dans cette matière, à attribuer des prérogatives exclusivement au Conseil. D'autres amendements souhaitent une transparence accrue du système, notamment en ce qui concerne l'activité des "comités". Un des amendements les plus importants vise à conférer au PE - et plus seulement au Conseil - le pouvoir de contester (dans un délai de deux mois) une mesure d'exécution d'un acte relevant de la codécision, lorsque celle-ci n'est pas conforme à l'acte de base. La Commission devrait alors, dans un délai de deux mois, soit présenter une proposition législative, soit prendre une mesure d'exécution modifiée.
S'agissant d'une simple consultation, il faudra maintenant attendre la position du Conseil, qui a priori n'est pas très favorable au souhait de la Commission.�