Dans sa proposition modifiée, la Commission reprend un certain nombre d'amendements adoptés par le Parlement européen intégralement ou sous une forme modifiée. Il s'agit des amendements visant à :
- développer une stratégie d'intégration des pays Méditerranéens avec la participation des régions de l'Union (promotion de la coopération interrégionale),
- prendre en considération les principes cités dans la communication de la Commission sur le respect des principes démocratiques et des droits de l'homme (COM(95)0216),
- permettre aux structures d'éducation et de formation ainsi qu'aux organisations syndicales de bénéficier de soutiens financiers,
- ajouter à la liste des mesures d'appui la gestion soutenable des ressources naturelles et culturelles et la coopération avec les régions de l'Union (y compris, dans la liste des actions finançables, le développement du système financier, la restructuration et la privatisation des secteurs industriels et des infrastructures, le développement des ressources en eau, des transports et des télécoms, la modernisation de l'administration publique, le renforcement des droits des minorités ethniques et religieuses et des médias), et la coopération entre organes locaux et régionaux dans un souci de bonne gestion.
-En ce qui concerne la coopération avec la Ligue arabe, la Commission ne la supprime pas mais préfère parler de renforcement des activités régionales et en particulier du "dialogue euro-arabe".
-Enfin, en ce qui concerne la transparence du processus de financement, la Commission s'inspirant d'un amendement du PE, propose que les résultats des appels d'offres soient publiés au JOCE et que tous les 6 mois des informations détaillées sur les marchés conclus soient transmis au comité MED.
Elle retient, en outre, l'idée du PE, de proposer une série de rapports annuels et intérimaires aux dates requises par ce dernier. Enfin, si la Commission n'a pas retenu l'idée de revoir le règlement au bout de 5 ans, elle propose néanmoins l'idée qu'avant le 30.06.1999, celui-ci soit réexaminé en tenant compte d'un rapport d'évaluation à présenter le 31.12.1998.�