Dans sa proposition modifiée, la Commission a repris 12 des 17 amendements adoptés en première lecture par le Parlement européen, dont 5 dans leur intégralité. Il s'agit des amendements visant à :
-attirer l'attention sur la nécessité d'une structure communautaire de surveillance épidémiologique,
-garantir la protection de la population lors de situations d'urgence grâce à un système de communication rapide des données et informations utiles dans les Etats membres,
-favoriser une coopération internationale en la matière grâce à un plan d'action avec les USA visant à mettre en place un système mondial d'alerte précoce sur les maladies transmissibles;
-modifier la procédure de comitologie (notamment en ce qui concerne la modification de l'annexe relative aux maladies transmissibles contrôlées et suivies).
En revanche, la Commission n'a pas repris les amendements portant sur la création d'une réseau d'alerte précoce des maladies transmissibles et la création d'un Centre européen de surveillance centralisant l'information européenne en la matière.
Parallèlement, des modifications ont été apportées
-en matière de surveillance épidémiologique : les données concernant les maladies transmissibles devront être comparables et compatibles,
-en matière de mesures de protection à prendre : des mesures devront être prévues aux frontières extérieures de la Communauté (et pas seulement aux aéroports),
-en matière de communication : le réseau communautaire devra transmettre aux autorités compétentes toute information sur l'état d'urgence résultant de l'apparition ou de la résurgence de maladies transmissibles dans la Communauté ou en provenance de pays tiers,
-en matière d'évaluation : le réseau devra faire l'objet d'une évaluation périodique et tous les 5 ans, un rapport est soumis au PE et au Conseil sur ses activités.�