Dans sa proposition modifiée faisant suite à l'avis du Parlement européen en deuxième lecture, la Commission a repris en tout ou en partie 17 des 22 amendements approuvés le 14.01.1998. Il s'agit en particulier des amendements visant à :
-prévoir que les dépenses découlant de la mise en oeuvre du réseau communautaire soient couvertes par des moyens communautaires spécifiques (et non, comme le prévoit, le Conseil via le recours à des intitiatives communautaires existantes);
-définir des procédures visant à assurer une consultation et une coordination adéquate entre les Etats membres en vue non seulement de la surveillance mais aussi du contrôle de la propagation des maladies transmissibles,
-recueillir dans le cadre de la surveillance épidémiologique, des données comparables et compatibles,
-considérer la liste des maladies transmissibles à surveiller proposée à l'annexe de la décision comme obligatoire (surtout dans les cas d'urgence épidémiologique) et non comme indicative,
-informer immédiatement les autorités de tous les Etats membres, via le réseau communautaire, de l'apparition de maladies transmissibles graves dans la Communauté ou en provenance de pays tiers,
-évaluer l'efficacité du réseau tous les 5 ans.
Les principaux amendements rejetés par la Commission et considérés comme essentiels par le Parlement concernent :
-la mise en place d'un système d'alerte précoce dans le cadre du réseau de surveillance,
-la mise en place d'"eurocentres" ou réceptacles nationaux des données sur les maladies transmissibles chargés de transmettre à un organisme central communautaire de surveillance à instituer, les informations nationales recueillies.�