La proposition modifiée de la Commission retient les amendements du Parlement européen concernant la nécessité d'une cohérence avec les accords régionaux, l'importance de fixer des critères communautaires pour les navires produisant peu de déchets, la nécessité d'inclure les navires jouissant de l'immunité souveraine, au moins en principe, et la nécessité d'inclure les eaux usées dans la définition des déchets produits par les navires, dès que l'annexe IV de Marpol 73/78 entrera en vigueur. La Commission accepte en outre l'argument du Parlement selon lequel l'irruption des procédures de déchargement et de chargement dans certains cas pourrait constituer une sanction disproportionnée pour les navires ne respectant pas la réglementation et qu'il faut introduire une référence à un système de gestion environnemental communautaire plutôt qu'à des normes ISO.
En revanche, la Commission n'a pas accepté les amendements portant sur:
- l'inclusion dans la notification et les régimes de mise en oeuvre de la directive les bâtiments de pêche de plus de 15 m de long;
- la mise en place d'un système "sans redevance spéciale" pour la couverture des coûts des installations de réception des déchets, par le truchement duquel au moins 90% des coûts totaux seront récupérés, indépendamment de l'utilisation effective des installations;
- la spécification du pourcentage de contrôles par sondage qui doivent être effectués sur 25% de tous les navires faisant escale dans un port chaque année;
- le transfert au Conseil des pouvoirs actuels de la Commission en matière de concurrence;
- l'approbation et la mise en oeuvre de plans pour la réception et la manutention des déchets;
- la proposition d'une politique commune pour des arrangements d'élimination des déchets avec les ports de pays tiers;
- la référence à la mise en oeuvre par tous les Etats membres de la convention d'Helsinki et de ses règles relatives aux redevances.�