La proposition modifiée de la Commission retient, en totalité ou partiellement, 88 amendements sur les 133 adoptés par le Parlement européen en première lecture. La Commission a ainsi retenu les amendements visant à: indiquer clairement que la prévention de la détérioration de l'état des eaux est un objectif en soi; ajouter une référence à la protection et l'amélioration des zones humides; améliorer la transparence et la participation du public. De même, la Commission a repris les amendements faisant explicitement référence à l'inclusion de substances affectant les fonctions endocriniennes et les substances radioactives dans la directive.
Les mesures concernant les substances dangereuses étant un problème essentiel, la Commission se félicite des amendements qui visent l'appel à l'action communautaire en vue d'une réduction continue des rejets de substances dangereuses allant dans le sens de leur élimination, en conformité avec la déclaration d'Esbjerg à l'occasion de la 4ème conférence de la Mer du Nord.
La Commission a également inséré dans sa proposition modifiée l'objectif de parvenir à des concentrations dans l'environnement marin proches des valeurs naturelles pour les substances normalement présentes dans le milieu marin, et proches de zéro pour les substances artificielles d'origine humaine.
L'objectif d'un niveau négligeable de pollution anthropogénique dans les eaux souterraines a été ajouté comme objectif ultime. Toutefois, la Commission a préféré insérer cet objectif comme objectif commplémentaire du bon état des eaux, sans préciser de date.
L'idée à la base de l'amendement proposant de fixer les tarifs à un niveau encourageant la réalisation des objectifs environnementaux a été prise en compte dans la directive proposée.
La Commission a également repris les amendements tendant à spécifier certaines conditions dérogatoires, notamment les catastrophes naturelles, les activités humaines antérieures ou les conditions naturelles. De plus, elle a retenu l'amendement ajoutant une dérogation, sous certaines conditions, pour les rejets dans les eaux souterraines dues aux opérations de prospection et d'extraction des hydrocarbures ainsi qu'aux autres industries extractives, au stockage de gaz et dans le cadre de certains travaux scientifiques et assimilés.
La Commission a accepté en partie l'amendement clarifiant l'application des normes de qualité aux eaux de surface destinées à l'approvisionnement en eau. Enfin, la Commission a retenu dans leur principe certains amendements concernant l'approche combinée et les programmes de mesures.�