La proposition modifiée tient compte de plusieurs amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture.
De manière générale cependant, la Commission ne peut accepter les amendements qui proposent des valeurs limites d'émission plus strictes et qui cherchent à étendre le champ d'application de la proposition aux grandes installations de combustion pour lesquelles une autorisation a été délivrée avant le 1er janvier 2000.
La Commission accepte l'amendement qui modifie un considérant de manière à indiquer clairement l'objectif de la stratégie communautaire en matière de lutte contre l'acidification. Elle retient partiellement l'amendement qui demande à la Commission de présenter des propositions d'instruments économiques à l'échelle de l'Union, aptes à réduire les émissions de SO2 et de NOx.
La Commission accepte le principe de l'amendement qui demande à la Commission de présenter avant le 1er juillet 2007 des propositions de révision des valeurs limites d'émission applicables. Elle retient également l'amendement qui concerne la diffusion des informations relatives aux émissions à l'intention du public et des organisations appropriées, dans la mesure où il est prévu d'établir un registre des émissions polluantes dans le cadre de la directive IPPC relative à la prévention et à la réduction intégrées de la pollution.�