En adoptant par 271 voix pour, contre 108 et 48 abstentions, le rapport de M. Arlindo CUNHA (PPE-DE, P), le Parlement européen a modifié sensiblement les propositions initiales de la Commission européenne. Le Parlement a repris pour la plupart les orientations de la commission au fond en préconisant un découplage partiel des aides (sans parvenir à s'entendre sur un pourcentage) et en rejetant le concept de dégressivité (se reporter également au résumé précédent).
Le Parlement préconise un découplage partiel des aides agricoles à la production s'appliquant à deux secteurs seulement : les cultures arables et les bovins mâles. Le rapport adopté propose un schéma de paiement multifonctionnel après janvier 2004 qui consistera en une aide aux revenus et à l'occupation des terres pour les agriculteurs qui produisent des cultures arables et ceux qui bénéficient de certains subsides dans le secteur du boeuf. L'aide financière aux autres secteurs restera liée à la production. Le rapport n'indique pas quel pourcentage de l'aide devrait être découplé. Un amendement présenté par le groupe PSE qui tentait de fixer le découplage à un niveau de 50% a été rejeté par la Plénière.
Le Parlement a également modifié les propositions de la Commission sur la modulation et la dégressivité. Il approuve une certaine réduction des paiements directs mais seulement pour les agriculteurs qui perçoivent plus de 7.500 euros par an et s'oppose au concept de dégressivité. Un amendement présenté par la commission de l'agriculture a été modifié par le vote final en plénière, pour assurer que les fonds économisés grâce à ces réductions seront réinvestis dans le second pilier de la PAC (développement rural et mesures environnementales) et pas seulement "50% au moins" comme il avait été suggéré par la commission de l'agriculture. Selon le rapport tel qu'il a été adopté, seuls les paiements directs annuels excédant 7.500 euros devraient être réduits après 2006, et ces réductions devraient varier de 6% par an dans les régions les moins favorisées à 8% dans d'autres régions.�