Lors de discussions menées par le Comité des représentants permanents (COREPER) de l'Union, le 6 octobre 2004, les délégations se sont mises d'accord sur une version modifiée du projet de règlement avec une série de modifications techniques et politiques à prendre en compte lors de l'examen de la proposition par le Parlement européen. Pour l'essentiel, le COREPER a cherché à favoriser l'objectif d'une solution unitaire de l'île et donc à favoriser tous les projets qui pourraient entraîner une coopération de toutes les parties en présence sur le territoire de la République de Chypre. Dans ce contexte, l'objectif global de la proposition a été revu pour clairement mettre en avant l'idée que l'aide devait viser à faciliter la réunification de Chypre dans le contexte d'une intégration économique de l'île et de sa préparation aux impératifs de l'acquis communautaire.
Ce projet révisé ne préjuge pas des autres travaux que le COREPER devrait mener ultérieurement concernant le projet de règlement du Conseil portant sur les conditions spéciales applicables aux échanges avec les zones de Chypre dans lesquelles le gouvernement chypriote grec n'exerce pas de contrôle effectif (document du Conseil 11603/2004).
En tout état de cause, le projet révisé de règlement indique très clairement qu'il ne s'agit en aucune manière de prévoir (y compris implicitement) la reconnaissance d'une autorité publique autre que celle du gouvernement de la République de Chypre dans les zones où ce gouvernement n'a pas le contrôle effectif (ci-après "les zones").
Dans l'attente, les modifications apportées par le COREPER au projet de règlement peuvent se résumer comme suit :
- les mesures à financer en vertu de l'instrument de financement sont à considérer comme étant de nature exceptionnelle et transitoire et visent à préparer et à faciliter, selon les besoins, la pleine application de l'acquis communautaire dans les zones après qu'une solution au problème chypriote dans son ensemble sera intervenue;
- autant que faire se peut, le développement et la restructuration des infrastructures (énergie, transport, environnement, télécoms et approvisionnement en eau) devraient prendre en compte un aménagement à l'échelle de l'île;
- lors de la mise en oeuvre des actions financées, les droits des personnes physiques et morales (droits de possession ou de propriété) devraient être respectés.
À noter encore des modifications visant à prévoir une nouvelle procédure de comitologie en lieu et place de celle prévue par la Commission dans sa proposition (le COREPER préférant une procédure de comité de gestion pour les décisions de financement à la place du comité consultatif).