Dans sa proposition modifiée, la Commission a accepté entièrement, partiellement ou en principe 43 des 103 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. Quarante et un amendements ont désormais été introduits, tels quels ou en substance, dans la position commune.
La Commission ne peut pas accepter la position commune sur un certain nombre d’aspects. Les plus importants de ces aspects sont les suivants :
- le choix de la base juridique : la Commission maintient que la base juridique commune qu’elle propose pour ce règlement , à savoir l’environnement et les échanges (articles 175 et 133 du traité CE), est correcte, et ne peut accepter une base juridique unique comme le propose le Conseil (article 175 du traité CE) ;
- la possibilité pour les États membres de formuler des objections aux transferts de déchets destinés à être valorisés en invoquant des normes de traitement insuffisantes dans le pays de destination : la Commission considère qu’une telle disposition créerait des entraves dans le marché européen du recyclage et de la valorisation des déchets, tout en n’améliorant pas les normes de gestion environnementale des déchets dans l’UE ;
- l’exclusion totale des sous-produits animaux du champ d’application du règlement : la Commission considère qu’il est préférable de présenter son examen des rapports entre ce règlement et le règlement 1774/2002/CE établissant des règles sanitaires applicables aux sous-produits animaux non destinés à la consommation humaine, pour que les résultats de cet examen soient rendus publics avant l’entrée en vigueur du règlement. Cela constituerait une réponse aux préoccupations exprimées par certains États membres en ce qui concerne les risques de double emploi au niveau de la procédure et permettrait à la Commission de maintenir sa proposition.