En adoptant le rapport de M. Bert DOORN (PPE-DE, NL), le Parlement a approuvé la proposition de directive sous réserve d’amendements. Le texte approuvé est le résultat de négociations informelles entre le rapporteur, la Commission et le Conseil en vue d'une adoption en première lecture.
Les députés ont opté pour une approche plus souple que celle de la Commission en donnant aux États membres davantage de marge de manœuvre pour adapter la directive à leur législation nationale. En particulier, le Parlement s’est opposé à la proposition de la Commission qui prévoit de rendre obligatoire la mise en place de comités d’audit distincts pour les entités d’intérêt public, telles que les entreprises cotées en bourse et les banques. Selon les députés, la disposition pourrait faire peser une charge financière et administrative excessive sur les sociétés. Les amendements adoptés donnent aux États membres la possibilité de déterminer la façon dont les entreprises superviseront leurs rapports de contrôle interne. Les contrôleurs et les entreprises européennes d'audit devront prouver leur indépendance par rapport à la direction des sociétés contrôlées.
Une autre question controversée était l'obligation, pour une entreprise d’intérêt public, de changer de commissaires aux comptes tous les cinq ans et de société d’audit tous les sept ans. L'amendement approuvé en plénière prévoit que cette rotation se fera tous les sept ans, mais uniquement pour le contrôleur principal et non pour les sociétés d’audit elles-mêmes. Il s’agit là d’éviter des charges inutiles pour les PME.
La Commission est invitée à présenter, avant la fin de 2006, un rapport sur l'incidence des dispositions nationales en vigueur en matière de responsabilité en ce qui concerne le contrôle légal sur les marchés des capitaux européens ainsi que sur les régimes d'assurance des contrôleurs et des cabinets d'audit, y compris une analyse objective des limitations de la responsabilité financière. À la lumière de ce rapport, la Commission soumettra éventuellement des recommandations aux États membres.