En adoptant la recommandation pour la deuxième lecture contenue dans le rapport de Johannes BLOKLAND (IND/DEM, NL), le Parlement européen a approuvé la position commune sous réserve d’amendements tendant à rendre plus strictes les règles proposées pour éviter les exportations illégales de déchets. A l'exception des groupes Verts/ALE, GUE/NGL et UEN, les plus grandes formations politiques du PE s'étaient mises d'accord sur des amendements de compromis, acceptables aux yeux du Conseil, de manière à boucler ce dossier en deuxième lecture.
Le Parlement a souligné la nécessité de faire en sorte que le démantèlement des navires soit réalisé d'une manière sûre et respectueuse de l'environnement afin de préserver la santé humaine et l'environnement. Un navire peut devenir un déchet au sens de la convention de Bâle mais il peut simultanément être considéré comme un navire en vertu d'autres dispositions du droit international. Dans ce contexte, les députés ont rappelé les efforts menés actuellement pour mettre en place au niveau mondial des normes contraignantes propres à permettre de répondre efficacement au problème du démantèlement des navires.
Désormais, le règlement européen imposera des règles plus précises de notification et de contrôles des transferts des déchets. Les députés ont introduit des dispositions pour favoriser l'accès du public aux processus décisionnels et à la justice, conformément à la Convention d'Aarhus. Si les États membres en décident ainsi, les installations réceptrices devront tenir en permanence des registres des entrées, des sorties et/ou des bilans pour les déchets et opérations de recyclage ou d’élimination qui figurent dans les notifications. Les informations relatives aux notifications de transferts pourront être publiées. En outre, pour encourager le recyclage local des déchets ménagers, les autorités du pays de réception pourront faire objection à des transferts notamment lorsqu'il s'agira de déchets municipaux en mélange provenant de ménages privés.
Le Parlement estime que les États membres doivent coopérer entre eux afin de faciliter la prévention et la détection des transferts illicites. A cette fin, ils devraient désigner les membres de leur personnel permanent responsables de cette coopération ainsi que le ou les centres chargés des contrôles physiques.
A noter également que les députés souhaitent exclure du champ d'application du règlement les déchets produits à bord de véhicules, de trains, d'avions et de navires jusqu'à ce que ces déchets soient débarqués en vue de leur valorisation ou élimination.
Le dernier point de controverse concerne la base juridique du règlement. La Commission européenne propose une double base juridique à l'appui de sa proposition, qui serait fondée à la fois sur la politique de l'environnement (article 175 du traité CE) et sur la politique commerciale (article 133). Le Parlement et Conseil ont opté pour le seul article 175 (Environnement).