La Commission peut accepter tous les amendements adoptés par le Parlement européen. Ils résultent d’un compromis global entre le Parlement européen et le Conseil en vue de l’adoption de la directive en deuxième lecture. Ces amendements soutiennent l’approche adoptée par la Commission dans sa proposition et répondent à ses préoccupations quant au domaine d’application géographique et aux coûts externes. Ils concernent :
- le domaine d’application géographique : les amendements établissent des règles pour le traitement de différents types de routes dans le cadre de la directive. Les RTE sont soumis aux règles de la directive; les États membres doivent informer la Commission des péages imposés sur les autres routes principales; quant aux routes secondaires, elles ne font l’objet d’aucune règle dans la directive ;
- les coûts externes : les amendements indiquent l’importance de l’internalisation des coûts externes et demandent à la Commission d’entreprendre un exercice de modélisation et d’effectuer une analyse d’impact de l’internalisation des coûts externes dans les deux ans qui suivent l’entrée en vigueur de la directive ;
- la différenciation du péage : l’amendement permet une différenciation du péage en fonction des émissions de NOx et de particules et rend obligatoire cette différenciation en fonction des émissions à partir de 2010 ;
- les types de véhicules : les amendements suppriment la référence aux «poids lourds» en la remplaçant par «véhicules de transport de marchandises», étant donné que le champ d’application de la directive a été modifié de manière à inclure les véhicules entre 3,5 t et 12 t, au lieu des seuls véhicules de plus de 12 t comme c’était le cas dans la directive 1999/62 ;
- les taxes applicables au trafic urbain : les amendements clarifient le fait que les taxes applicables au trafic urbain ne sont soumises à aucune des règles de la directive, de sorte que les États membres sont libres d'imposer de telles taxes conformément aux règles du traité ;
- les autres amendements apportent des modifications mineures à d’autres partie du texte traitant de compensation, d’affectation spéciale, de taux maximum pour l’eurovignette et de non-discrimination.
La conclusion du compromis a été facilitée par une déclaration faite par la Commission lors de la session plénière du Parlement européen de décembre 2005.