En adoptant par 409 voix pour, 167 contre et 79 abstentions le rapport de M. Daniel VARELA SUANZES-CARPEGNA (PPE-DE, ES), le Parlement s’est finalement rallié à la position de sa commission pêche et a décidé d’approuver l'accord de partenariat sur la pêche entre la Communauté et le Maroc tout en exprimant certaines réserves quant à ses implications en terme de légalité internationale pour le Sahara occidental.
Les amendements à la proposition de règlement se subdivisent en 2 parties : d’une part, des amendements classiques sur la transparence et l’information du Parlement sur la mise en œuvre de l’accord et d’autre part, des amendements plus politiques touchant à des questions de territorialité de l’accord.
Transparence : comme il le fait pour l’ensemble de ses rapports portant sur l’approbation et la conclusion d’accords ou protocoles de pêche avec des pays tiers, le Parlement demande la rédaction d’un rapport annuel sur la mise en œuvre de l'accord afin qu’il puisse donner son feu vert aux négociations sur le protocole suivant et ce, en connaissance de cause. Le Parlement demande en particulier que la Commission informe le Parlement sur l’application de l’accord couvrant certaines méthodes de pêche, sur l’évolution des ressources halieutiques, sur la conservation des ressources et sur la pêche expérimentale de nouvelles espèces (il est notamment demandé que la Commission propose l’introduction de la pêche aux céphalopodes et aux crustacés dans le cadre de l’accord après avis scientifique pertinent) ainsi que sur toute initiative visant à modifier le contenu de l’accord. Le Parlement demande également qu’un député du PE puisse participer aux réunions de la commission mixte de l’accord, en tant qu’observateur.
La question du Sahara occidental : le Parlement a également voté l'ajout d'un paragraphe garantissant qu’en cas de preuve que l'utilisation réglementée par l'accord enfreint les engagements internationaux, la Commission prenne des mesures immédiates pour suspendre l'accord. Une précision justifiée selon lui par les relations entre le Maroc et le Sahara occidental. Le Parlement s’est en effet inquiété de l'inclusion d’office dans l’accord de pêche des eaux territoriales du Sahara occidental. Il craint qu'en signant un accord avec le Maroc donnant aux flottes de pêche de l'UE un accès aux eaux situées au large de la côte du Sahara occidental (au sud de la latitude 27° 40'N), l'UE se mette en infraction avec ses engagements envers les Nations Unies. Plusieurs amendements GUE/NGL et Verts/ALE ont ainsi été soumis en Plénière afin d'interdire la pêche dans certaines zones, mais ils ont tous été rejetés.
Á noter que le Parlement demande également que la contrepartie financière octroyée par la Communauté pour financer la présence de la flotte européenne dans les eaux marocaines, serve également au développement des populations côtières du Maroc et du Sahara occidental.
Cet accord devrait être approuvé par le Conseil le 22 mai 2006, ce qui permettrait à l'accord d'entrer en vigueur avant que les premiers versements n'interviennent, le 30 juin 2006. Auparavant, le Parlement avait refusé d'utiliser la procédure d'urgence pour ratifier l'accord pendant la session d'avril 2006.