À la suite des travaux du Conseil, la Commission a été en mesure d'accepter soit textuellement, soit dans leur principe, un plus grand nombre d'amendements.
Les amendements du Parlement acceptés par la Commission et repris dans la position commune, sont les suivants :
- critères d'éligibilité, et plus particulièrement les critères relatifs à la valeur ajoutée européenne, ainsi que l’inclusion d’une composante «Nature et biodiversité» dans la position commune ;
- fixation d’un taux maximum de cofinancement et possibilité d’un taux plus élevé pour certains projets relatifs à la nature;
- inscription de la complémentarité dans la position commune ;
- contrôles effectués par la Commission;
- financement des ONG ;
- clarification que LIFE+ peut financer des mesures transnationales, et possibilité pour les États membres de prendre en compte des priorités nationales et régionales;
- garantie que toutes les décisions clés seront soumises à une procédure de comitologie;
- inclusion de l'évaluation et du suivi.
Les amendements rejetés par la Commission et non repris dans la position commune sont les suivants :
- amendement concernant l'augmentation budgétaire proposée par le Parlement,
- établissement d’une liste de bénéficiaires possibles,
- amendements visant à soumettre le programme pluriannuel à une procédure de codécision.
Les modifications introduites par le Conseil ont contribué à clarifier la proposition de la Commission, notamment en définissant plus explicitement la valeur ajoutée européenne et en précisant le rôle des États membres, des agences nationales et de la Commission pour ce qui est de la planification du programme et des mécanismes de mise en œuvre. La Commission soutient par conséquent la position commune adoptée à la majorité qualifiée. Elle prend également note de la déclaration du Conseil concernant la modification du programme de budget en seconde lecture.