Le Parlement européen, en adoptant le rapport d'Esko SEPPÄNEN par 523 voix pour 86 contre et 37 abstentions, appuie la proposition de la Commission mais propose toutefois les amendements suivants :
- la présente directive doit s'appliquer sans préjudice des droits et des obligations découlant du droit international, y compris, sans s'y limiter, le droit de passage inoffensif et le droit de passage en transit garantis par la Convention des Nations unies sur le droit de la mer (CNUDM) ;
- la définition de «combustible usé » doit être précisée : « le combustible usé peut soit être considéré comme une ressource utilisable qui peut être retraitée, soit être destiné au stockage définitif, sans que soit prévue d'utilisation ultérieure, et traité comme un déchet radioactif » ;
- les autorités compétentes des États membres doivent prendre les mesures nécessaires pour garantir que toutes les informations concernant les transferts régis par la directive sont traitées avec toute la diligence requise et protégées envers toute utilisation non conforme ;
- dans le but de renforcer la procédure de l'accusé de réception nouvellement créée, les députés préconisent d'introduire une étape pour s’assurer que la demande est formellement remplie. Cette vérification formelle et l'envoi de l'accusé de réception devraient être effectués dans un délai de 15 jours ;
- le délai imparti pour signifier le consentement ou le refus devrait être deux mois à partir de la date de l'accusé de réception ;
- une même procédure de consentement ou de refus doit être appliquée tant pour les transferts de déchets radioactifs que pour les transferts de combustible usé aux fins de stockage définitif ;
- lorsque l'exécution du transfert est impossible ou interdite, les coûts résultants sont au premier titre à la charge du détenteur, à moins qu'il n'en soit disposé autrement, soit dans la législation applicable en la matière, soit dans tout accord contractuel conclu entre le détenteur et toute autre personne participant au transfert ;
- s’agissant de la responsabilité de la gestion des déchets radioactifs et combustibles usés, les députés préconisent de clarifier le texte : tout État membre a le droit d'interdire des importations à la fois de déchets radioactifs (sauf en cas de réexpédition) et de combustible usé d’origine étrangère à des fins de traitement ou de stockage définitif.
Le Parlement entend également préciser que chaque État membre demeure entièrement responsable de la gestion des déchets radioactifs et du combustible usé relevant de son ressort; aucune disposition de la présente directive n'impose à un État membre de destination d'accepter des transferts de déchets radioactifs ou de combustible usé en vue de leur traitement ou de leur stockage définitifs, si ce n'est lorsque les déchets ou le combustible sont destinés à être réexpédiés. Tout refus de tels transferts doit être justifié sur la base des critères définis dans la présente directive.