La proposition modifiée présentée par la Commission retient, en totalité ou partiellement, un grand nombre des 12 amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture, étant donné qu’ils améliorent la proposition initiale et qu’ils maintiennent les objectifs et la viabilité politique de celle-ci. La Commission a également pris en considération les résultats des négociations dont la proposition a fait l’objet au sein du «Groupe de travail antifraude» du Conseil ainsi que l'avis de la Cour des comptes européenne qui a été consultée.
Les modifications apportées à la proposition visent les objectifs suivants:
- rassurer les États membres quant au fait que la proposition ne confère aucun nouveau pouvoir d’enquête à la Commission;
- préciser le pouvoir discrétionnaire des États membres quant aux formes et méthodes de coopération;
- souligner le rôle de la Commission en tant que plateforme de services par opposition aux tâches d’enquête qui sont les siennes;
- préciser le champ d’application de l’assistance administrative mutuelle au titre de la proposition en ce qui concerne les dépenses communautaires tant indirectes que directes;
- préciser davantage la démarcation en ce qui concerne le droit pénal et d’autres instruments de coopération administrative (règlement 1798/2003/CE);
- mettre en relief la fonction de coordination des unités centrales de liaison au niveau national;
- mettre davantage l’accent sur la valeur opérationnelle ajoutée à laquelle la Commission (OLAF) peut contribuer;
- souligner les éléments d’une plateforme de services, pour les États membres, en ce qui concerne l’assistance spontanée et l’activité d’analyse de risque menée par la Commission;
- supprimer les dispositions relatives au « contrôle spécial » qui autorisait un contrôle à la suite de soupçons d’irrégularités, sur demande ou non;
- délimiter le champ d’application du présent règlement et le rôle de coordination de la Commission à l’égard des pays tiers;
- préciser la mesure dans laquelle les États membres peuvent faire preuve de flexibilité dans la mise en œuvre des obligations au titre du présent règlement;
- combiner la désignation des autorités compétentes par les États membres avec l’établissement d’un registre de ces autorités par la Commission;
- renforcer la possibilité de recouvrer les profits obtenus illégalement et l’obligation de fournir les informations pertinentes;
- introduire des dispositions proportionnées et dissuasives efficaces en ce qui concerne le recouvrement;
- supprimer l’instrument que représente le contrôle spécial de la proposition modifiée, c’est-à-dire qu’il est laissé à la discrétion des États membres de décider s’ils doivent faire usage ou non de cet instrument particulier;
- mettre l’accent sur le fait que les informations relatives à des transactions suspectes, recueillies par les unités de renseignements financiers des États membres grâce aux mécanismes d’information créés dans le cadre des directives concernant le blanchiment de capitaux, ne doivent pas être utilisées au titre de la présente proposition de règlement aux fins de poursuites du blanchiment de capitaux, mais plutôt en vue collecter des éléments de fait permettant à un indicateur de renseignements de signaler l’existence possible d’une fraude au niveau communautaire pouvant appeler la mise en œuvre de l’assistance administrative mutuelle;
- confirmer l’exception à l’obligation de coopérer pour des raisons d’ordre public.