La commission a adopté le rapport d'Edit HERCZOG (PSE, HU) octroyant la décharge à l'Autorité européenne de sécurité des aliments pour 2005. Dans la résolution qui l'accompagne, elle a fait un certain nombre de remarques d'ordre général concernant la majorité des agences de l'UE :
- le nombre toujours croissant d'agences communautaires et les activités de certaines d'entre elles ne semblent pas s'intégrer dans un cadre d'orientation globale, et les "missions de certaines agences ne reflètent pas toujours les besoins réels de l'Union ni les attentes des citoyens";
- la Commission devrait par conséquent définir un cadre d'orientation globale et présenter une étude coûts-bénéfices avant la création de toute nouvelle agence, et la Cour des comptes devrait prendre position sur cette analyse avant que le Parlement ne prenne sa décision ;
- la Commission devrait présenter tous les cinq ans une étude de la valeur ajoutée de chaque agence existante ; en cas d'évaluation défavorable de la valeur ajoutée d'une agence, le mandat de cette agence doit être reformulé ou il doit être mis fin à ses activités ;
- la Commission devrait améliorer le soutien administratif et technique aux agences, en tenant compte de la complexité croissante des dispositions administratives de la Communauté ainsi que des problèmes techniques ;
- les agences devraient améliorer leur coopération et l'évaluation comparative avec d'autres acteurs dans ce domaine ;
- la Commission devrait harmoniser la forme du rapport annuel des agences, en ce compris l'élaboration d'indicateurs de résultats permettant une comparaison de leur efficacité.
Dans ses remarques spécifiques concernant l'Autorité européenne de sécurité des aliments, la commission a appelé l'Autorité à faire un "effort important" pour améliorer la mise en œuvre du budget. Elle a critiqué le fait que l'Autorité n'ait pas respecté les modifications apportées par le Parlement au tableau des effectifs et qu'elle n'ait pas introduit la gestion par activités, alors que le règlement financier de l'Autorité en prévoit la mise en place. S'agissant du recrutement, le rapport a insisté sur la stricte application des critères de sélection prévus et une vérification effective des documents soumis par les candidats. Enfin, l'Autorité a été invitée à renforcer son système de contrôle interne en ce qui concerne la passation des marchés et la conclusion des contrats.