La Commission a accepté en totalité, en partie ou dans leur principe 59 des 76 amendements proposés par le Parlement européen en première lecture. Sur ces 59 amendements, 35 ont été repris dans la position commune. La Commission a accepté tous les amendements soulignant les liens avec la directive 2000/60/CE, l'importance des considérations ayant trait aux changements climatiques et la nécessité d'utiliser les instruments existants. En revanche, la Commission a rejeté les amendements qui limitaient l'application de la directive aux inondations ayant des causes spécifiques, qui introduisaient des exigences trop détaillées ou risquaient de créer un flou juridique.
La Commission estime que la position commune représente un progrès en ce qui concerne les plans de gestion des risques d'inondation et la coopération internationale, et qu'elle peut donc la soutenir. Elle reconnaît qu'il reste des questions en suspens concernant le report de l'échéance à compter de laquelle les développements futurs potentiels, et notamment le changement climatique, devront être pris en compte dans l'évaluation préliminaire des risques d'inondation, et que les exigences de coordination avec la directive 2000/60/CE ont été modifiées.
La Commission a rédigé deux déclarations à insérer dans le procès-verbal du Conseil :
- sur les changements climatiques : la Commission regrette que la position commune ne comporte pas de texte qui aurait garanti que l'incidence des changements climatiques sur les risques d'inondation soit dûment évaluée et prise en compte ;
- sur le tableau de concordance : la Commission attire l'attention sur la proposition qu'elle a émise, conformément aux objectifs de l'accord interinstitutionnel "Mieux légiférer", concernant l'établissement par les États membres de tableaux illustrant la concordance entre la directive et les mesures de transposition qu'ils ont prises, pour permettre à la Commission de vérifier la conformité des mesures nationales avec les dispositions de la législation communautaire. Elle espère que cette question, de nature horizontale, sera examinée conjointement par les institutions.