La Commission estime que la position commune du Conseil ne modifie ni l'objectif principal ni l'esprit de la proposition et qu'elle peut dès lors l'appuyer. La position commune traduit l'avancement des négociations interinstitutionnelles, ouvrant ainsi la voie à l'adoption de la présente proposition en 2ème lecture. Le président du comité du budget du Parlement européen et le rapporteur pour la présente proposition ont fait savoir par lettre à la présidence du Conseil que si le texte de compromis était adopté tel quel par le Conseil, ils recommanderaient au comité du budget et à la session plénière d'approuver la position commune sans les amendements en 2ème lecture au Parlement.
Sur le fond, la Commission regrette que les taux d’aide financière qu'elle a proposés n'aient pas été soutenus dans leur totalité, mais elle accepte le compromis.
La Commission aurait également préféré que le paragraphe 1 de l’article 7 concernant le non-cumul des concours financiers communautaires soit maintenu, mais elle estime que ce principe de non-cumul ne s'en trouve pas affecté. Elle a rédigé une déclaration sur cette question qui a été annexée au procès-verbal du Conseil.
Cette déclaration précise que, dans le contexte des programmes opérationnels recevant une aide financière des Fonds structurels et/ou du Fonds de cohésion, les instruments financiers communautaires autres que ces fonds ne peuvent se substituer au cofinancement national requis.
Les dépenses effectuées dans le cadre d'un projet qui fait partie d'un programme opérationnel recevant un concours financier des Fonds structurels ou du Fonds de cohésion ne peuvent bénéficier d'un autre financement communautaire. Ainsi par exemple, les dépenses pour de l'équipement SEGTF (système européen de gestion du trafic ferroviaire) ou pour l'électrification d'une ligne ferroviaire, qui ne bénéficient pas d'un concours financier des Fonds structurels et/ou du Fonds de cohésion, peuvent prétendre à un financement RTE. La construction proprement dite de la ligne ferroviaire pourrait être financée par le FEDER ou par le Fonds de cohésion.
Les projets pourraient également être répartis par zone géographique et être cofinancés soit par le FEDER/Fonds de cohésion soit par un financement RTE.
Lors de l'octroi de subsides RTE, la Commission vérifiera donc si les projets n'ont pas reçu de financement des Fonds structurels ou du Fonds de cohésion. Après consultation de la Cour des comptes, la Commission publiera également des lignes directrices à l'intention des États membres sur la manière de combiner les différents instruments de financement.