La position commune du Conseil adoptée à l’unanimité reprend très largement la position adoptée en 1ère lecture par le Parlement européen le 14 décembre 2006. La majeure partie des amendements adoptés par le Parlement européen ont été acceptés et incorporés dans la position commune du Conseil.
Les seuls amendements que le Conseil n'a pas acceptés sont les amendements relatifs à la procédure de comité. En effet, le Conseil ne pense pas que la procédure de réglementation avec contrôle souhaitée par le Parlement européen soit la procédure la mieux indiquée pour l'adoption des programmes de travail annuels. La compétence d'exécution conférée à la Commission à cet égard ne vise pas à apporter des modifications au texte de l'instrument de base en supprimant certains de ces éléments, en les remplaçant ou en complétant l'acte de base par l'ajout de nouveaux éléments non essentiels. Au contraire, elle vise à donner une application aux règles concrètes existantes de l'acte de base sans permettre à la Commission d'ajouter de nouveaux éléments à cet acte et, donc, de le "compléter".
Le Conseil maintient donc dans sa position commune la procédure de gestion.