La position commune du Conseil adoptée à l’unanimité reprend intégralement, en partie ou dans leur principe 6 amendements adoptés en 1ère lecture par le Parlement européen. 17 amendements n'ont pas été pris en compte dans la position commune.
Le Conseil approuve l'objectif et la plupart des principaux éléments de la proposition de la Commission, qui prévoient un mécanisme adéquat pour obtenir un retour d'expérience des accidents et incidents afin de prévenir d'autres accidents et incidents. L'approche adoptée par le Conseil a toutefois nécessité certaines modifications du texte, en vue notamment de garantir l'indépendance et le pouvoir discrétionnaire de l'organisme d'enquête.
Flexibilité : le Conseil estime que les États membres, et en particulier leurs organismes d'enquête respectifs, devraient conserver une certaine flexibilité et une certaine marge d'appréciation en ce qui concerne la conduite des enquêtes de sécurité. Alors que la proposition initiale prévoyait des enquêtes de sécurité obligatoires en cas d'accidents ou d'incidents de mer très graves ou graves, la position commune limite l'obligation de mener des enquêtes de sécurité aux accidents et incidents très graves et laisse à l'organisme d'enquête, dans tous les autres cas d'accidents ou d'incidents de mer, le soin de décider s'il convient d'entreprendre une enquête de sécurité, compte tenu notamment de la gravité de l'accident ou de l'incident et des enseignements que l'on peut en tirer. En outre, le Conseil est d'avis qu'il n'est pas nécessaire de faire explicitement référence aux appels de détresse en tant que catégorie spécifique d'incidents requérant des enquêtes de sécurité.
Indépendance : comme dans le cas du secteur des chemins de fer, le Conseil souligne que l'organisme d'enquête doit être indépendant, dans son organisation, sa structure juridique et ses décisions, de toute partie dont les intérêts pourraient être en conflit avec les tâches qui lui sont confiées, afin de pouvoir mener les enquêtes de sécurité de manière objective. Chaque État membre établira son organisme d'enquête, conformément à sa propre organisation administrative, comme une structure publique disposant de la plus grande autonomie possible au niveau de son fonctionnement interne. Cette structure pourra être liée à une entité plus grande, telle qu'un ministère ou une administration, mais devra être régie par des dispositions qui garantissent son indépendance, en particulier vis-à-vis des autres autorités administratives susceptibles d'être intéressées par tout accident de mer. Les États membres qui n'ont ni navires, ni bateaux battant leur pavillon désigneront un service responsable indépendant pour collaborer aux enquêtes de sécurité touchant d'importants intérêts de ces États membres.
Différenciation entre les enquêtes: comme le Parlement européen, le Conseil estime qu'il convient de différencier les enquêtes de sécurité des enquêtes judiciaires et autres procédures visant à déterminer les responsabilités et à attribuer les fautes. La position commune prévoit que les enquêtes menées au titre de la directive n'ont d'autre objectif que de déterminer les causes des accidents. Cependant, conformément au code de l'OMI pour la conduite des enquêtes sur les accidents et les incidents de mer, elle précise que l'organisme d'enquête devrait établir à cet effet des rapports complets, car les conclusions qu'ils contiennent peuvent permettre de déterminer les responsabilités et d'attribuer les fautes.
Champ d'application : le Conseil inclut dans sa position commune les petits bateaux de pêche d'une longueur inférieure à 15 mètres, et pas uniquement les bateaux d'une longueur supérieure à 24 mètres, comme dans la proposition initiale. Selon le projet de directive modifiant la directive 2002/59/CE relative à la mise en place d'un système communautaire de suivi du trafic des navires et d'information, les bateaux précités doivent être équipés d'un système d'identification automatique afin d'améliorer les possibilités de suivi de ces navires, ainsi que leur sécurité dans les situations de navigation rapprochée. Ils devraient donc être, eux aussi, couverts par la directive relative aux enquêtes sur les accidents.
Méthodologie : le Conseil juge approprié de prévoir une plus grande flexibilité, en jetant les bases d'un échange permanent d'expériences. Par rapport à la proposition initiale, les États membres disposent d'une plus grande marge de manoeuvre pour appliquer les principes de la méthodologie commune mise au point avec l'aide de l'Agence européenne pour la sécurité maritime et adoptée conformément à la procédure de réglementation avec contrôle. Parallèlement, la Commission et les États membres élaboreront des lignes directrices sur les méthodes et les meilleures pratiques à utiliser dans le cadre de la mise en oeuvre de la méthodologie commune.