La Présidence française a informé les ministres des principaux résultats de la 2ème lecture du Parlement intervenue le 17 décembre 2008.
Devant la perspective d'une procédure de conciliation, la Présidence a souligné l'importance de trouver rapidement un accord avec le Parlement, ceci aussi bien pour des raisons de sécurité juridique que de protection sociale, puisque la directive actuellement en vigueur permet aux États membres d'autoriser des durées hebdomadaires de travail jusqu'à 78 heures.
Les principales différences entre la deuxième lecture du Parlement et la position commune adoptée par le Conseil le 15 septembre 2008 portent sur le temps de garde, la clause de non-participation et le repos compensateur :
- en ce qui concerne le temps de garde, le Conseil fait une distinction entre période active du temps de garde et période inactive du temps de garde. Il considère que la période inactive du temps de garde (la période pendant laquelle le travailleur a l'obligation d'être disponible sur son lieu de travail, mais n'est pas tenu par son employeur d'exercer effectivement son activité ou ses fonctions) ne fait pas partie du temps de travail, sauf si la législation nationale ou, conformément à la législation et/ou la pratique nationale, une convention collective ou un accord entre les partenaires sociaux le prévoit ;
- pour ce qui est de la durée hebdomadaire de travail, le Conseil plaide pour une limite standard de 48 heures par semaine, y compris les heures supplémentaires et les périodes actives du temps de garde, à calculer sur une période de référence. Les États membres peuvent cependant décider d'autoriser un dépassement de cette limite (clause de non-participation) s'ils assurent une protection effective de la santé et de la sécurité des travailleurs sous réserve du consentement explicite, libre et informé du travailleur concerné. Ce dispositif doit être assorti de garanties appropriées et faire l'objet d'un contrôle attentif. Dans un considérant, il est fait référence à la Charte des droits fondamentaux, notamment au droit de chaque travailleur à une limitation de la durée maximale de travail. Le plafond spécial pour les travailleurs qui choisissent de ne pas participer est en général soit de 60 heures en moyenne calculées sur trois mois (qui peut être dépassé au titre d'une convention collective), soit de 65 heures au maximum en moyenne calculées sur trois mois (uniquement si les périodes inactives du temps de garde sont calculées comme temps de travail et s'il n'existe pas de convention collective) ;
- en ce qui concerne le repos compensateur, le Conseil prévoit que dans les cas où des dérogations sont prévues en ce qui concerne les dispositions applicables aux périodes de repos et aux temps de pause journaliers, aux périodes de repos hebdomadaires, à la durée du travail de nuit et aux périodes de référence, des périodes de repos compensateur devront être accordées dans un délai raisonnable qui doit être déterminé par la législation nationale ou une convention collective ou un accord conclu entre partenaires sociaux.