Le Parlement et le Conseil n'ont pas pu parvenir à un compromis sur trois aspects cruciaux de la directive : la clause de non participation ou "opt-out", le temps de garde, et la question des contrats multiples.
L'opt-out a été le principal point de blocage. Le Parlement avait voulu que cette cette dérogation devienne exceptionnelle et temporaire, alors que le Conseil s'opposait à toute tentative de mettre fin à cette clause.
Le Parlement avait cherché également à défendre la jurisprudence de la Cour européenne de justice, selon laquelle le temps de garde doit être considéré comme du temps de travail. Les députés ont estimé que les propositions de la Commission européenne et du Conseil sur cette question représentaient un pas en arrière par rapport aux arrêts de la Cour de justice.
Enfin, aucun accord substantiel n'a pu être trouvé sur la question des contrats multiples. Pour les travailleurs disposant de plus d'un contrat de travail, le Parlement a estimé que le temps de travail devait être calculé par travailleur plutôt que par contrat.
Puisqu'il n'a pas été possible de trouver un accord en conciliation, la proposition devient caduque et la directive actuelle reste en vigueur. La Commission européenne pourra, si elle le veut, faire une nouvelle proposition qui serait être examiné par le Parlement. À noter que c'est la première fois que des négociations échouent au stade de la conciliation depuis l'entrée en vigueur du Traité d'Amsterdam qui a significativement étendu la portée de la procédure de codécision.