Dans sa position en première lecture, le Conseil a accepté 6 amendements du Parlement européen en totalité et en a retenu 70 en partie. Il n'a pas pu accepter 31 autres amendements.
Compte tenu des délais serrés à respecter pour dégager rapidement un accord sur la proposition à l'étude ainsi que le Conseil européen l'a demandé, le Conseil s'est efforcé dès le départ de recenser les éléments qui pourraient être acceptés à la fois par le Parlement et par le Conseil, plutôt que d'élaborer une version complète de la position approuvée par le Conseil avant d'entamer des négociations avec le Parlement. Afin de progresser rapidement tout en tenant compte de la date d'entrée en vigueur du traité sur le fonctionnement de l'UE, il a été décidé de procéder en deux étapes:
a) dégager un accord sur le fond de la directive. À la suite des consultations menées avec le Parlement européen, la première étape a été franchie en novembre 2009. Cet accord a été confirmé par le Coreper le 19 novembre 2009 et, au niveau de la commission de l'industrie, de la recherche et de l'énergie du Parlement européen, par lettre de son président en date du 30 novembre 2009 ;
b) dégager un accord sur les modifications découlant de l'entrée en vigueur du TFUE, concernant notamment l'adaptation de la base juridique et des dispositions relatives à la procédure de comité. À l'issue des consultations avec le Parlement européen, cette seconde étape s'est achevée en mars 2010.
La position du Conseil intègre les deux accords susvisés. Ses principaux éléments sont les suivants:
Dispositions relatives aux instruments financiers: un nouvel article intitulé « Incitations financières et barrières commerciales » et de nouveaux considérants ont été ajoutés afin de mettre beaucoup plus l'accent sur les aspects relatifs au financement de l'efficacité énergétique des bâtiments.
Bâtiments dont la consommation d'énergie est quasi nulle : un « objectif à l'horizon 2020 » a été ajouté: le texte désormais que, d'ici au 31 décembre 2020, tous les nouveaux bâtiments doivent avoir une consommation d'énergie quasi nulle, qu'un objectif intermédiaire doit être fixé pour 2015 et que les bâtiments occupés ou détenus par des autorités publiques doivent avoir une consommation d'énergie quasi nulle à compter du 31 décembre 2018, conformément au rôle de premier plan qui doit être celui du secteur public dans ce domaine.
En outre, les États membres devraient élaborer des politiques en vue de la transformation des bâtiments existants en bâtiments à consommation d'énergie quasi nulle. Le Conseil n'a pas pu accepter de fixer des objectifs contraignants pour les bâtiments existants.
Éléments de bâtiments : conformément à l'esprit des amendements du Parlement, le champ d'application de la proposition a été élargi aux éléments de bâtiments.
Certificats de performance énergétique (délivrance et affichage) : comme l'a proposé le Parlement, le Conseil a décidé d'abaisser le seuil prévu pour la délivrance des certificats relatifs aux bâtiments publics, de même que celui prévu pour l'affichage des certificats dans les bâtiments publics, et de rétablir un élément qu'il avait précédemment supprimé, à savoir l'exigence selon laquelle l'indicateur de performance énergétique doit figurer dans les publicités.
Cadre méthodologique comparatif : le Conseil n'a pas pu accepter la demande du Parlement concernant l'application dans tous les États membres d'un cadre méthodologique commun. Il a en revanche accepté l'adjonction d'une nouvelle annexe III, proposée par le Parlement, dans laquelle est décrit le contenu du cadre méthodologique comparatif.
En outre, le Conseil est convenu d'instaurer un système d'étalonnage dans le cadre duquel les États membres doivent justifier les différences importantes pouvant exister entre les niveaux optimaux en fonction des coûts des exigences minimales en matière de performance énergétique et les exigences minimales qui sont en vigueur.
Réexamen : le Conseil a accepté la demande du Parlement concernant une évaluation pas la Commission; un compromis a été dégagé sur la date du 1er janvier 2017 comme date butoir pour cette évaluation.
Information : afin de répondre à plusieurs demandes du Parlement concernant la communication d'informations, le Conseil a proposé d'insérer un nouvel article pour regrouper toutes les dispositions en matière d'information.