La Commission estime que la position commune arrêtée le 18 septembre 2006 à l'unanimité est acceptable et recommande au Parlement européen de l'approuver.
Globalement, le texte du Conseil repose largement sur la proposition modifiée de la Commission, dans laquelle bon nombre des amendements du Parlement européen avaient été acceptés.
Les différences entre la proposition modifiée de la Commission et la position commune du Conseil concernent principalement les 3 questions suivantes :
1) organismes désignés : la Commission avait proposé la désignation, pour l'ensemble de la durée du programme, d'un total de 9 organismes. Ce faisant, elle avait intégré 3 organismes supplémentaires proposés par le Parlement européen. Toutefois, vu les difficultés rencontrées par le Conseil pour trouver un compromis à ce sujet, la Commission peut accepter la position du Conseil, à savoir l'abandon progressif du financement des 9 organismes désignés après une période de 3 ans ;
2) répartition du budget entre les actions : tant le Parlement européen que le Conseil avaient revu la proposition de manière à mettre l'accent sur des actions différentes du programme (le Conseil s'est concentré sur l’Action 1 « jumelages », tandis que le Parlement européen avait privilégié l’Action 2 « soutien aux organisations de la société civile au niveau européen »). Dans les grandes lignes, la Commission a maintenu sa position initiale dans sa proposition modifiée afin de garantir l'équilibre entre les différentes actions. Toutefois, pour faciliter un accord rapide, la Commission a accepté la solution de compromis proposée par le Conseil, à savoir :
- entre 40% et 47% du budget pour la 1ère action,
- entre 29% et 38% pour la 2ème action.
3) comitologie : la Commission a fait une déclaration dans laquelle elle a exprimé ses regrets quant à l'introduction d'une étape supplémentaire dans la procédure de comitologie qui aura des effets négatifs pour les bénéficiaires. En effet, cette approche allongerait de deux à trois mois le délai entre la soumission d'une proposition et la prise d'une décision sur ladite proposition. La Commission note aussi que le Parlement européen, dans l'avis qu'il a rendu en 1ère lecture, n'était pas favorable à l'idée de soumettre chaque décision de sélection à une procédure de comité. Cependant, la Commission peut accepter le texte de la position commune afin d'éviter tout retard dans l'adoption du programme.
La Commission indique enfin que l’enveloppe financière du programme équivaut à 215 mios EUR à prix courant.