Dans son avis portant sur les amendements adoptés en 2ème lecture par le Parlement européen, la Commission indique qu’elle est en mesure d’accepter les 4 amendements adoptés par le Parlement. Ces amendements sont le résultat d’un compromis d’ensemble entre le Parlement européen et le Conseil en vue de la 2ème lecture. Ils sont conformes aux objectifs de la proposition initiale de la Commission et à la communication de la Commission sur la position commune :
- le 1er ajoute la promotion de la tolérance aux objectifs du programme ;
- le 2ème est technique et vise à ramener de 20 à 1 le nombre de jours entre la publication de la décision et son entrée en vigueur, ce qui accélérera la mise en œuvre du programme ;
- les 3ème et 4ème amendements portent sur le pourcentage du budget alloué aux actions I et II : ils indiquent qu’au moins 45% du budget seront consacrés à l’action I et qu’environ 31% seront accordés à l’action II.
Parallèlement, la Commission rappelle la déclaration unilatérale qu’elle a faite au moment de l’adoption de la position commune : celle-ci porte sur l'enveloppe budgétaire et sur la nécessité d’exprimer le montant de cette enveloppe en prix courants. Ceci correspond à la pratique budgétaire habituelle et permet d’assurer en toute clarté le respect de la décision de l’autorité législative. Pour le programme en question, le montant à prix courants s’élève à 215 mios EUR.