La Commission accepte la position commune, qui reprend les éléments principaux de sa proposition initiale et de sa proposition modifiée du 24 mai 2006 ainsi que les principaux amendements adoptés par le Parlement européen en première lecture.
Les discussions entre le Parlement, le Conseil et la Commission ont permis d'arriver à un texte de compromis, qui fonde la position commune du Conseil. Les différences de fond entre la position commune, d’une part, et la proposition initiale de la Commission sont les suivantes:
- les programmes « DAPHNE III » et « PRÉVENTION DE LA TOXICOMANIE ET INFORMATION» sont dissociés. (Cette scission avait été proposée par la Commission elle-même dans sa proposition modifiée du 24 mai 2006.) ;
- une proposition de projet spécifique sera éligible au financement si elle implique au moins 2 États membres (au lieu de 3 États membres dans la proposition initiale de la Commission) ;
- la mention expresse de la fédération européenne pour les enfants disparus et sexuellement exploités, en vue de lui accorder une subvention de fonctionnement, a été supprimée ;
- en matière de comitologie, le texte de compromis retient le principe du double comité (comité de gestion pour l'adoption du programme de travail annuel et comité consultatif pour les autres questions), tandis que la proposition initiale de la Commission ne prévoyait qu'un comité consultatif.
Une déclaration du Parlement européen et du Conseil invite la Commission à considérer la possibilité d'une initiative pour une année européenne contre la violence envers les enfants, les adolescents et les femmes.
D'autres amendements du Parlement concernant des modifications rédactionnelles visant à améliorer le texte ont également été repris.