Le traité de Lisbonne, entré en vigueur le 1er décembre 2009, a modifié les deux traités fondamentaux de l'Union européenne, à savoir le traité sur l'Union européenne (TUE) et le traité instituant la Communauté européenne (TCE) – ce dernier ayant été renommé «traité sur le fonctionnement de l'Union européenne» (TFUE).
Ces modifications ont eu différents types de conséquences sur de nombreuses procédures pendantes. En premier lieu, les articles du TUE et de l’ancien TCE qui constituaient la ou les bases juridiques de toutes les propositions fondées sur ces traités ont été renumérotés conformément aux tableaux de correspondance visés à l'article 5 du traité de Lisbonne.
En outre, pour un nombre limité de propositions, l’entrée en vigueur du traité de Lisbonne a entraîné un changement de leur base juridique allant au-delà d'une simple renumérotation des articles, impliquant un changement de type de procédure applicable.
Le traité de Lisbonne a également introduit de nouveaux concepts de procédure décisionnelle : l’ancienne procédure dite de «codécision» a été étendue à de nouveaux domaines et rebaptisée «procédure législative ordinaire», une nouvelle «procédure d'approbation» est venue remplacer l’ancienne procédure dite de l’ «avis conforme» et de nouvelles procédures interinstitutionnelles ont été instituées pour l’adoption d’actes non-législatifs, par exemple la conclusion de certains accords internationaux.
Les propositions pendantes concernées par ces changements ont été formellement modifiéespar la Commission dans une communication publiée le 2 décembre 2009 (voir COM(2009)0665).
Dans le cas de la proposition de directive du Conseil modifiant la directive 2003/109/CE afin d’étendre son champ d’application aux bénéficiaires d’une protection internationale, les conséquences de l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne sont les suivantes :
- l’ancienne base juridique – article 63, paragraphes 3 et 4 du traité CE – devient les articles 79, paragraphes 2a) et b) du TFUE. Il faut noter que la référence à l’ancienne base juridique correspond à la version consolidée du Traité qui était d'application immédiatement avant l'entrée en vigueur de Lisbonne, et qu’elle peut différer de la référence contenue dans la proposition initiale de la Commission ;
- la proposition, qui relevait de l’ancienne procédure dite de « consultation » (CNS), est désormais identifiée comme procédure législative ordinaire (COD).